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鄧芳木蟲(chóng) (小有名氣)
木蟲(chóng)
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[求助]
autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？
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請(qǐng)問(wèn)高手：autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？做了很多組對(duì)接沒(méi)發(fā)現(xiàn)有這種相互作用的，這種相互作用有什么作用？能說(shuō)明哪些問(wèn)題？謝謝 |
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 Autodock |
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
鄧芳: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
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| 首先看看你的口袋周圍是否有苯環(huán)殘基，如果沒(méi)有，是不可能出現(xiàn)pi-pi的。另外就是你的配體是不是有苯環(huán)或者更大的共軛體系。當(dāng)兩者都有的情況下，空間構(gòu)象匹配就會(huì)出現(xiàn)pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量還是蠻大的。所以如果體系有pi-pi相互作用，應(yīng)該你的affinity energy相對(duì)會(huì)比較低。至于這種相互作用到底能說(shuō)明什么問(wèn)題，這個(gè)就仁者見(jiàn)仁，智者見(jiàn)智了。 |
2樓2013-01-08 15:58:10
hellenwu74
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3樓2013-01-08 16:21:33
鄧芳
木蟲(chóng) (小有名氣)
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4樓2013-01-08 17:36:16
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-08 22:15:13
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| 我建議你們?nèi)タ纯串?dāng)初開(kāi)發(fā)軟件時(shí)發(fā)的文章。所有的相互作用什么的都會(huì)在文章的affinity energy計(jì)算公式里面體現(xiàn)。因?yàn)槲乙矝](méi)有深入的了解這部分，對(duì)于pi-pi作用，只是我?guī)讉�(gè)體系是有的，所以我比較清楚。對(duì)于pi-sigma，不了解，pi-cation我的理解是共軛體系跟離子之間的一種相互作用。這個(gè)在配位化學(xué)里面也常有。 |
5樓2013-01-08 21:04:43
游子8921
鐵桿木蟲(chóng) (知名作家)
游子8921
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6樓2013-01-08 22:49:53
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zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓勵(lì)多多發(fā)言！ 2013-01-09 14:26:49
zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓勵(lì)多多發(fā)言！ 2013-01-09 14:26:49
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這個(gè)affinity energy是比較容易誤解，嚴(yán)格意義上來(lái)講，應(yīng)該計(jì)算一個(gè)體系的自由能變化，如果docking前后的自由能變化小于零，說(shuō)明docking的構(gòu)象是穩(wěn)定的。但是autodock這個(gè)軟件目前還不能嚴(yán)格計(jì)算docking前后的自由能變化。所以他們?nèi)×藗�(gè)affinity energy的概念�；旧弦彩莻�(gè)參考值。因?yàn)樗彩秦?fù)值。所以我說(shuō)如果有pi-pi相互作用，就意味著docking后的體系更加的穩(wěn)定，affinity energy更低。從某種意義上講這個(gè)配體很有可能對(duì)這個(gè)蛋白有作用。目前能夠真正計(jì)算自由能變化的還是charmm程序。但是這個(gè)程序很難學(xué)，功能多，足夠的基礎(chǔ)好像很難去使用。其它的docking 程序基本上都是采用各種模型和算法將自由能計(jì)算簡(jiǎn)化，然后出一個(gè)指標(biāo)。像affinity energy, score, rsmd等等。 簡(jiǎn)單一句話，對(duì)于docking，一旦空間構(gòu)象匹配，配體與蛋白質(zhì)周圍環(huán)境的殘基相互作用越大，那么結(jié)合的可能性就越高。至于這種結(jié)合到底意味著什么，完全取決于你的體系蛋白口袋的特性。如果這個(gè)口袋已經(jīng)有很多文獻(xiàn)報(bào)道了它的生物活性，那么結(jié)合的越好，說(shuō)明你的配體活性越高，如果這個(gè)口袋只是你自己找來(lái)學(xué)習(xí)docking的。要么你撞大運(yùn)找到了蛋白的新活性位點(diǎn)，要么就什么都不是。純粹給你樂(lè)一樂(lè)而已。 |
7樓2013-01-09 13:59:09
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8樓2013-01-09 14:02:12
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-09 14:27:18
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-09 14:27:18
| 其實(shí)pi-pi相互作用也好，氫鍵相互作用也好，范德華力也好，甚至是庫(kù)倫力也好。在計(jì)算化學(xué)家眼里也就是一個(gè)對(duì)自由能變化貢獻(xiàn)因素中的一種而已。只要參數(shù)都設(shè)置對(duì)了，最后都是看自由能的變化。如果體系自由能降低，那么配體docking上蛋白質(zhì)就是一個(gè)自發(fā)的過(guò)程。只是在這些相互作用中不同種類的相互作用貢獻(xiàn)的多少不同而已。一般是庫(kù)倫力》氫鍵，pi-pi》范德華力。所以對(duì)于我們做分子設(shè)計(jì)的人，需要多多利用這些差異來(lái)設(shè)計(jì)分子。上海藥物所他們?cè)?jīng)發(fā)表過(guò)一些文章闡述鹵素在藥物設(shè)計(jì)中的重要性。文章提到說(shuō)鹵素提供的相互作用類似于氫鍵的大小。但是比常規(guī)的氧或者氮受環(huán)境和條件影響小。具體文章記不得了，你可以網(wǎng)上查找一下。 |
9樓2013-01-09 14:10:28
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10樓2013-03-13 18:56:05
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