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鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
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[求助]
autodock什么時候存在pi-pi interations？
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請問高手：autodock什么時候存在pi-pi interations？做了很多組對接沒發(fā)現(xiàn)有這種相互作用的，這種相互作用有什么作用？能說明哪些問題？謝謝 |
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 Autodock |
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8樓2013-01-09 14:02:12
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【答案】應(yīng)助回帖
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鄧芳: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
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zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
| 首先看看你的口袋周圍是否有苯環(huán)殘基，如果沒有，是不可能出現(xiàn)pi-pi的。另外就是你的配體是不是有苯環(huán)或者更大的共軛體系。當(dāng)兩者都有的情況下，空間構(gòu)象匹配就會出現(xiàn)pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量還是蠻大的。所以如果體系有pi-pi相互作用，應(yīng)該你的affinity energy相對會比較低。至于這種相互作用到底能說明什么問題，這個就仁者見仁，智者見智了。 |
2樓2013-01-08 15:58:10
hellenwu74
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4樓2013-01-08 17:36:16
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