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鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
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[求助]
autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？
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請(qǐng)問高手：autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？做了很多組對(duì)接沒發(fā)現(xiàn)有這種相互作用的，這種相互作用有什么作用？能說明哪些問題？謝謝 |
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 Autodock |
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lrf1980
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zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-09 14:27:18
zh1987hs: 金幣+3, 謝謝 2013-01-09 14:27:18
| 其實(shí)pi-pi相互作用也好，氫鍵相互作用也好，范德華力也好，甚至是庫倫力也好。在計(jì)算化學(xué)家眼里也就是一個(gè)對(duì)自由能變化貢獻(xiàn)因素中的一種而已。只要參數(shù)都設(shè)置對(duì)了，最后都是看自由能的變化。如果體系自由能降低，那么配體docking上蛋白質(zhì)就是一個(gè)自發(fā)的過程。只是在這些相互作用中不同種類的相互作用貢獻(xiàn)的多少不同而已。一般是庫倫力》氫鍵，pi-pi》范德華力。所以對(duì)于我們做分子設(shè)計(jì)的人，需要多多利用這些差異來設(shè)計(jì)分子。上海藥物所他們?cè)?jīng)發(fā)表過一些文章闡述鹵素在藥物設(shè)計(jì)中的重要性。文章提到說鹵素提供的相互作用類似于氫鍵的大小。但是比常規(guī)的氧或者氮受環(huán)境和條件影響小。具體文章記不得了，你可以網(wǎng)上查找一下。 |
9樓2013-01-09 14:10:28
lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
鄧芳: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
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zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
| 首先看看你的口袋周圍是否有苯環(huán)殘基，如果沒有，是不可能出現(xiàn)pi-pi的。另外就是你的配體是不是有苯環(huán)或者更大的共軛體系。當(dāng)兩者都有的情況下，空間構(gòu)象匹配就會(huì)出現(xiàn)pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量還是蠻大的。所以如果體系有pi-pi相互作用，應(yīng)該你的affinity energy相對(duì)會(huì)比較低。至于這種相互作用到底能說明什么問題，這個(gè)就仁者見仁，智者見智了。 |
2樓2013-01-08 15:58:10
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3樓2013-01-08 16:21:33
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