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鄧芳木蟲 (小有名氣)
木蟲
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[求助]
autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？
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請(qǐng)問高手：autodock什么時(shí)候存在pi-pi interations？做了很多組對(duì)接沒發(fā)現(xiàn)有這種相互作用的，這種相互作用有什么作用？能說明哪些問題？謝謝 |
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 Autodock |
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lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
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zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓勵(lì)多多發(fā)言！ 2013-01-09 14:26:49
zh1987hs: 金幣+5, 模擬EPI+1, 回答清楚~授予EPI一枚~鼓勵(lì)多多發(fā)言！ 2013-01-09 14:26:49
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這個(gè)affinity energy是比較容易誤解，嚴(yán)格意義上來講，應(yīng)該計(jì)算一個(gè)體系的自由能變化，如果docking前后的自由能變化小于零，說明docking的構(gòu)象是穩(wěn)定的。但是autodock這個(gè)軟件目前還不能嚴(yán)格計(jì)算docking前后的自由能變化。所以他們?nèi)×藗�(gè)affinity energy的概念�；旧弦彩莻�(gè)參考值。因?yàn)樗彩秦?fù)值。所以我說如果有pi-pi相互作用，就意味著docking后的體系更加的穩(wěn)定，affinity energy更低。從某種意義上講這個(gè)配體很有可能對(duì)這個(gè)蛋白有作用。目前能夠真正計(jì)算自由能變化的還是charmm程序。但是這個(gè)程序很難學(xué)，功能多，足夠的基礎(chǔ)好像很難去使用。其它的docking 程序基本上都是采用各種模型和算法將自由能計(jì)算簡(jiǎn)化，然后出一個(gè)指標(biāo)。像affinity energy, score, rsmd等等。 簡(jiǎn)單一句話，對(duì)于docking，一旦空間構(gòu)象匹配，配體與蛋白質(zhì)周圍環(huán)境的殘基相互作用越大，那么結(jié)合的可能性就越高。至于這種結(jié)合到底意味著什么，完全取決于你的體系蛋白口袋的特性。如果這個(gè)口袋已經(jīng)有很多文獻(xiàn)報(bào)道了它的生物活性，那么結(jié)合的越好，說明你的配體活性越高，如果這個(gè)口袋只是你自己找來學(xué)習(xí)docking的。要么你撞大運(yùn)找到了蛋白的新活性位點(diǎn)，要么就什么都不是。純粹給你樂一樂而已。 |
7樓2013-01-09 13:59:09
lrf1980
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【答案】應(yīng)助回帖
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鄧芳: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-01-08 17:35:56
zh1987hs: 金幣+4, 謝謝 2013-01-08 22:14:57
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| 首先看看你的口袋周圍是否有苯環(huán)殘基，如果沒有，是不可能出現(xiàn)pi-pi的。另外就是你的配體是不是有苯環(huán)或者更大的共軛體系。當(dāng)兩者都有的情況下，空間構(gòu)象匹配就會(huì)出現(xiàn)pi-pi相互作用。pi-pi相互作用的能量還是蠻大的。所以如果體系有pi-pi相互作用，應(yīng)該你的affinity energy相對(duì)會(huì)比較低。至于這種相互作用到底能說明什么問題，這個(gè)就仁者見仁，智者見智了。 |
2樓2013-01-08 15:58:10
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3樓2013-01-08 16:21:33
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