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wl554520877鐵蟲 (初入文壇)
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[求助]
求高人指點qpcr問題,擴(kuò)增效率太高!
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最近做熒光定量,問題重重,先是跑了個內(nèi)參試試,做個標(biāo)曲,結(jié)果出來了,擴(kuò)增效率很高,達(dá)到200%,不過溶解曲線卻是單一峰;還有就是ntc也有值,搞不明白,跑了個膠發(fā)現(xiàn)有條帶應(yīng)該是引物二聚體吧,我新手也不確定。上圖吧,求分析,求幫助! 4.jpg 2.jpg |

金蟲 (小有名氣)

鐵桿木蟲 (職業(yè)作家)
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擴(kuò)增效率高一般是說明有非特異性擴(kuò)增或者有引物二聚體。 如果有引物二聚體,熔解曲線上會有比產(chǎn)物溫度低的峰出現(xiàn)。一般的正常產(chǎn)物熔解溫度高于80°C,引物二聚體的熔解溫度會比較低,一般是七十多度。雖然你說熔解曲線是單一的峰,但在我看來,在70-80°C之間有兩個不明顯的小峰,從左邊的圖也能看出有三處slop的變化。溫度低的小峰在負(fù)對照中明顯放大。只有高于84°C的那個是正常產(chǎn)物。這個圖已經(jīng)很明顯的表示擴(kuò)增不特異。從跑的膠的圖上看,似乎有引物二聚體和單體,也可能是非特異產(chǎn)物。你的PCR體系中引物的濃度用的是多少?是不是太高了。此外,你是否對引物做了溫度梯度確定最佳退火溫度。 你的負(fù)對照擴(kuò)增產(chǎn)物的熔解曲線明顯只有溫度低的峰,沒有目標(biāo)峰,如果已經(jīng)用了最佳退火溫度,這說明引物設(shè)計有問題。 |
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