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wanlichuan木蟲 (著名寫手)
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[求助]
只知道單胞參數(shù)和組成晶體的分子的結(jié)構(gòu)，不知道單晶結(jié)構(gòu)時，如何用MS構(gòu)建晶體模型？
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如題，我只知道一種晶體的單胞參數(shù)和組成該晶體的分子的結(jié)構(gòu)，但不知道單晶結(jié)構(gòu)，該如何用Materials Studio構(gòu)建晶體模型呢？MS說明書“Building a starting model”部分說，分為以下四個步驟： 1、Build an empty unit cell using information obtained from indexing the experimental powder pattern and by determining the space group. （根據(jù)單胞參數(shù)構(gòu)建一個空單胞）。 2、In one or more separate 3D model documents, construct models for the molecules and/or atoms that form the asymmetric unit of the crystal.（在另一個3D模型文件中畫出分子結(jié)構(gòu)）。 3、Define the structural degrees of freedom for each of the fragments in the asymmetric unit. （確定非對稱單元的結(jié)構(gòu)自由度）。 4、Build an initial crystal structure by copying the molecules and/or atoms that form the asymmetric unit from their 3D model documents into the empty lattice constructed in steps 1 and 2 above. Use the “Edit/Copy”and “Edit /Paste” commands to do this. （把2步驟里畫好的分子結(jié)構(gòu)拷進1步驟里建好的空單胞中）。 There are no limits on the unit cell size or on the number of atoms in the unit cell. 我遇到的問題主要在第4步，在用復(fù)制-粘貼命令的時候，發(fā)現(xiàn)粘貼過去會出現(xiàn)好幾個非對稱單元的結(jié)構(gòu)（常常是4個），造成單胞中非常擁擠，就算用鼠標(biāo)拖開，后面用forcite優(yōu)化的時候，還是會到一起去，并且沒辦法刪掉其中一個，因為這四個其實是通過對稱性聯(lián)系起來的，刪一個就全部消失。我的問題是，這一步有沒有辦法控制非對稱單元的個數(shù)（即通常說的Z值）？難道最少是4個嗎？當(dāng)然我想少一些（想多很容易，多復(fù)制-粘貼幾次就可以了），比如想控制Z=1或Z=2，怎么辦？ 期待高手解答。非常感謝。  |
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