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wanlichuan木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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[求助]
只知道單胞參數(shù)和組成晶體的分子的結(jié)構(gòu)，不知道單晶結(jié)構(gòu)時(shí)，如何用MS構(gòu)建晶體模型？
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如題，我只知道一種晶體的單胞參數(shù)和組成該晶體的分子的結(jié)構(gòu)，但不知道單晶結(jié)構(gòu)，該如何用Materials Studio構(gòu)建晶體模型呢？MS說(shuō)明書(shū)“Building a starting model”部分說(shuō)，分為以下四個(gè)步驟： 1、Build an empty unit cell using information obtained from indexing the experimental powder pattern and by determining the space group. （根據(jù)單胞參數(shù)構(gòu)建一個(gè)空單胞）。 2、In one or more separate 3D model documents, construct models for the molecules and/or atoms that form the asymmetric unit of the crystal.（在另一個(gè)3D模型文件中畫(huà)出分子結(jié)構(gòu)）。 3、Define the structural degrees of freedom for each of the fragments in the asymmetric unit. （確定非對(duì)稱(chēng)單元的結(jié)構(gòu)自由度）。 4、Build an initial crystal structure by copying the molecules and/or atoms that form the asymmetric unit from their 3D model documents into the empty lattice constructed in steps 1 and 2 above. Use the “Edit/Copy”and “Edit /Paste” commands to do this. （把2步驟里畫(huà)好的分子結(jié)構(gòu)拷進(jìn)1步驟里建好的空單胞中）。 There are no limits on the unit cell size or on the number of atoms in the unit cell. 我遇到的問(wèn)題主要在第4步，在用復(fù)制-粘貼命令的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)粘貼過(guò)去會(huì)出現(xiàn)好幾個(gè)非對(duì)稱(chēng)單元的結(jié)構(gòu)（常常是4個(gè)），造成單胞中非常擁擠，就算用鼠標(biāo)拖開(kāi)，后面用forcite優(yōu)化的時(shí)候，還是會(huì)到一起去，并且沒(méi)辦法刪掉其中一個(gè)，因?yàn)檫@四個(gè)其實(shí)是通過(guò)對(duì)稱(chēng)性聯(lián)系起來(lái)的，刪一個(gè)就全部消失。我的問(wèn)題是，這一步有沒(méi)有辦法控制非對(duì)稱(chēng)單元的個(gè)數(shù)（即通常說(shuō)的Z值）？難道最少是4個(gè)嗎？當(dāng)然我想少一些（想多很容易，多復(fù)制-粘貼幾次就可以了），比如想控制Z=1或Z=2，怎么辦？ 期待高手解答。非常感謝。  |
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