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doctor88銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
求中藥單體分子與靶點(diǎn)蛋白的docking處理
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| 如題，我們在前期實(shí)驗(yàn)過程中發(fā)現(xiàn)了一個(gè)很有效的中藥復(fù)方，對一個(gè)靶蛋白非常有效，現(xiàn)在經(jīng)過藥靶預(yù)測后發(fā)現(xiàn)復(fù)方中的一個(gè)分子結(jié)構(gòu)與該靶蛋白十分相似，我想做這個(gè)成分與該靶點(diǎn)的結(jié)合情況，請問能做docking方面的研究內(nèi)容么？如果合作的話找哪些牛人方便呢？本人是醫(yī)學(xué)專業(yè)，北京地區(qū)，對docking完全不懂，請大蝦指點(diǎn)！ |
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ts2009
木蟲 (著名寫手)
無業(yè)游民
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2013-01-31 20:24:31
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2013-01-31 20:24:31
| LZ 問的復(fù)方中的某個(gè)分子結(jié)構(gòu)和靶蛋白相似？？暈了 是否是跟靶蛋白某個(gè)已知的抑制劑很像？這個(gè)也是很常見的。大部分的情況下，中藥復(fù)方中的化合物很難購買得到 需要分離或是合成。。。如果可以得到這個(gè)分子的話 就先購買測試其細(xì)胞或是酶的活性。如果尚可，再用理論的方法其研究下編個(gè)故事。若活性都沒或很差的話就沒必要了，畢竟實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)是最重要的。多多交流... |
4樓2013-01-31 19:37:40
【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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單純做對接套路還是比較固定的： 1.查看是否有靶點(diǎn)蛋白的晶體結(jié)構(gòu) 2.繪制并優(yōu)化復(fù)方中小分子的3D結(jié)構(gòu) 3. 查閱靶點(diǎn)蛋白的活性位點(diǎn)是否已有報(bào)道，有進(jìn)行第4步，沒有進(jìn)行第5步。 4.設(shè)置對接的區(qū)域，以活性位點(diǎn)周圍為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行對接。 5.進(jìn)行blind docking,可靠性不敢保證 6.分析對接結(jié)果 |
2樓2013-01-30 22:55:40
songyunlong
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2013-01-31 20:24:40
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zh1987hs: 金幣+5, 謝謝 2013-01-31 20:24:40
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個(gè)人覺得，最重要的，就是要買到這個(gè)單體，測試其和靶蛋白的結(jié)合力，實(shí)驗(yàn)確證了，再做計(jì)算分析才有意義。。。 當(dāng)然，基于藥靶預(yù)測（估計(jì)是基于配體相似性）再結(jié)合基于受體結(jié)構(gòu)的docking方法，如果兩者都支持該單體是這個(gè)蛋白的配體，那么買來該單體去測試的信心會大一些。。。 既然早晚還是要測，何不如早一點(diǎn)測呢？發(fā)文章的時(shí)候，沒有試驗(yàn)結(jié)果肯定是不行的啊 |
3樓2013-01-30 23:48:27
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5樓2013-01-31 22:58:23
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