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從基因文庫(kù)中篩選到目的基因后的分析
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各位蟲友：本人前段時(shí)間從構(gòu)建好的基因文庫(kù)中通過功能篩選，篩選到了一株陽性克隆。接著對(duì) 測(cè)序結(jié)果在NCBI中比對(duì)，沒有能和測(cè)出的結(jié)果比對(duì)上的。因此不知道這段序列編碼的是什么酶。 接著把測(cè)出的序列用Vector NTI進(jìn)行ORF分析，如果 將正向測(cè)序結(jié)果輸入（以M13+向開始）顯示整個(gè)序列被分成很多個(gè)ORF,并且最大ORF也只不過500bp，我想這應(yīng)該不足以編碼我的目標(biāo)蛋白（酰胺酶，實(shí)驗(yàn)室克隆出的相同功能的酰胺酶700多bp）；如果將反向的測(cè)序結(jié)果輸入（以M13-向開始）顯示大致可以分倆個(gè)閱讀框，一個(gè)1600bp左右，一個(gè)有700bp左右。 對(duì)于這樣的結(jié)果我不知道該怎么分析，怎么設(shè)計(jì)引物克隆出目標(biāo)編碼基因？ |
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dmzha
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7樓2013-03-07 10:40:08
qqxs
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4樓2013-03-04 17:47:24
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【答案】應(yīng)助回帖
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| 你都知道序列怎么會(huì)克隆不出目標(biāo)編碼基因呢？在分析的ORF（個(gè)人認(rèn)為應(yīng)該是反向測(cè)序結(jié)果）兩端設(shè)計(jì)引物就行了，然后在大腸桿菌中表達(dá)，得到的可溶性蛋白再進(jìn)行酶學(xué)性質(zhì)鑒定。如果在NCBI中沒有比對(duì)上，估計(jì)是新基因的可能性比較大。PS：就算是新基因，在NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)中多少還是有同源性不是很高的基因存在。 |
5樓2013-03-04 21:34:07
6樓2013-03-06 09:05:08
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