 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1677 | 回復: 4 | ||
[求助]
MEGA進行聚類分析中使用的序列是什么序列？怎樣獲得？
|
|
如題：使用MEGA5進行一類蛋白的聚類分析，網(wǎng)上有很漂亮的圖（圖2），我也想制作這種圖。純新手，請大家給講解一下，越詳細越好。謝過啦～～～ 1. 使用DNA,mRNA,cDNA,coding sequence還是直接使用amino acid sequence來制作？對于這點很迷茫（許多文章中都是通過NCBI用關鍵詞在Genbank里搜索出這類蛋白的所有基因，在用些well characterized 蛋白進行 tblastn ；或者各種blast，但究竟是用的哪種序列更confident和reliable呢） 2. 我現(xiàn)在只知道從uniprot中搜到aa sequence，里面可以找到mRNA和Genomic DNA（圖1），但是后面各自又有個Translation，不明白這是什么意思，哪個是我所需要的聚類用的序列？或者都不是。 如果它們都不是，那我又從哪里獲得序列呢？ 圖1.jpg 圖2.jpg |
回復此樓» 猜你喜歡
288求調(diào)劑，一志愿華南理工大學071005
已經(jīng)有5人回復
-
一志愿中國海洋大學，生物學，301分，求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復
-
294求調(diào)劑材料與化工專碩
已經(jīng)有12人回復
-
0856調(diào)劑，是學校就去
已經(jīng)有5人回復
-
0817 化學工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有13人回復
-
梁成偉老師課題組歡迎你的加入
已經(jīng)有11人回復
-
復試調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復
-
0703化學調(diào)劑 ，六級已過，有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有11人回復
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復
-
東華理工大學化材專業(yè)26屆碩士博士申請
已經(jīng)有8人回復
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 怎樣導出MEGA比對好的序列
已經(jīng)有14人回復
- 請問在GenBank上找到了一條序列，怎樣知道作者所用引物的序列？
已經(jīng)有9人回復
- 構建進化樹過程中，我如何把我的菌的序列 和我 選擇同源的序列 編輯在一起進行比對？
已經(jīng)有5人回復
- 問個泛函分析的問題， 有關序列極限，略難。。。
已經(jīng)有13人回復
- 如何克隆一個在小鼠、大鼠中序列已知，但在人未知的基因？
已經(jīng)有11人回復
- 序列相似度較低，該如何申請獲得基因登陸號
已經(jīng)有4人回復
- 請教各位，聚類分析圖和系統(tǒng)發(fā)生樹有什么區(qū)別？
已經(jīng)有5人回復
- 蛋白氨基酸序列分析及二、三、四級結(jié)構的鑒定
已經(jīng)有33人回復
- 蛋白質(zhì)序列分析
已經(jīng)有5人回復
- 我向Genbank提交了序列并收到了登錄號，可我把那封郵件弄沒了，怎么再獲得登錄號？
已經(jīng)有12人回復
- 【求助/交流】舉例說明模式生物中一個基因的序列的獲取、序列分析和功能分析
已經(jīng)有8人回復
- 【求助】安捷倫7890A5975C氣相色譜質(zhì)譜儀序列中斷
已經(jīng)有3人回復
- 【原創(chuàng)】利用網(wǎng)絡資源進行序列數(shù)據(jù)分析一條龍方法
已經(jīng)有12人回復
- 【求助】氨基酸序列三維結(jié)構的獲得
已經(jīng)有5人回復
- 【求助/交流】怎樣在一段序列中查找可能的測序引物？
已經(jīng)有4人回復
- 【推薦】序列對齊分析
已經(jīng)有14人回復
2樓2013-03-07 00:13:59
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 18
- 應助: 599 (博士)
- 貴賓: 1.818
- 金幣: 24632.2
- 散金: 197
- 紅花: 48
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 2254
- 在線: 400.7小時
- 蟲號: 1879241
- 注冊: 2012-07-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學
3樓2013-03-07 08:02:37
4樓2013-03-07 09:30:59
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
- BioEPI: 18
- 應助: 599 (博士)
- 貴賓: 1.818
- 金幣: 24632.2
- 散金: 197
- 紅花: 48
- 沙發(fā): 2
- 帖子: 2254
- 在線: 400.7小時
- 蟲號: 1879241
- 注冊: 2012-07-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 生物信息學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★
遙控器68: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-07 18:20:19
遙控器68: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-07 18:20:19
|
1. some DNA mutations are silent, i.e. the corresponding protein sequence is the same. The protein alignment can give you better idea about the effect of the mutation, e.g. structural change, antibody design etc. 2. the translated protein sequences should be fine |
5樓2013-03-07 17:52:07
相關版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 遙控器68 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 294求調(diào)劑材料與化工專碩 +12 | 陌の森林 2026-03-18 | 12/600 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0856調(diào)劑，是學校就去 +4 | sllhht 2026-03-19 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 梁成偉老師課題組歡迎你的加入 +9 | 一鴨鴨喲 2026-03-14 | 11/550 |
|
|
|
[考博] 東華理工大學化材專業(yè)26屆碩士博士申請 +8 | zlingli 2026-03-13 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 本人考085602 化學工程 專碩 +17 | 不知道叫什么！ 2026-03-15 | 19/950 |
|
|
|
[考研] 0817調(diào)劑 +3 | 沒有答案_ 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩英一數(shù)二306 +5 | z1z2z3879 2026-03-18 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 0703化學 305求調(diào)劑 +4 | FY_yy 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +4 | Tyoumou 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 08工科 320總分 求調(diào)劑 +5 | 梨花珞晚風 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +6 | 26研0 2026-03-15 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +10 | z1z2z3879 2026-03-16 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 070300化學319求調(diào)劑 +6 | 錦鯉0909 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑 +3 | 梁梁校校 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩326求調(diào)劑 +6 | 墨煜姒莘 2026-03-15 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 材料與化工專碩調(diào)劑 +5 | heming3743 2026-03-16 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 278求調(diào)劑 +3 | Yy7400 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +3 | 曼殊2266 2026-03-14 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703一志愿211 285分求調(diào)劑 +5 | ly3471z 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 26調(diào)劑/材料科學與工程/總分295/求收留 +9 | 2026調(diào)劑俠 2026-03-12 | 9/450 |
|