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遙控器68專(zhuān)家顧問(wèn)
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[求助]
MEGA進(jìn)行聚類(lèi)分析中使用的序列是什么序列？怎樣獲得？
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如題：使用MEGA5進(jìn)行一類(lèi)蛋白的聚類(lèi)分析，網(wǎng)上有很漂亮的圖（圖2），我也想制作這種圖。純新手，請(qǐng)大家給講解一下，越詳細(xì)越好。謝過(guò)啦～～～ 1. 使用DNA,mRNA,cDNA,coding sequence還是直接使用amino acid sequence來(lái)制作？對(duì)于這點(diǎn)很迷茫（許多文章中都是通過(guò)NCBI用關(guān)鍵詞在Genbank里搜索出這類(lèi)蛋白的所有基因，在用些well characterized 蛋白進(jìn)行 tblastn ；或者各種blast，但究竟是用的哪種序列更c(diǎn)onfident和reliable呢） 2. 我現(xiàn)在只知道從uniprot中搜到aa sequence，里面可以找到mRNA和Genomic DNA（圖1），但是后面各自又有個(gè)Translation，不明白這是什么意思，哪個(gè)是我所需要的聚類(lèi)用的序列？或者都不是。 如果它們都不是，那我又從哪里獲得序列呢？ 圖1.jpg 圖2.jpg |
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wizardfan
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4樓2013-03-07 09:30:59
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遙控器68: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-07 18:20:19
遙控器68: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-07 18:20:19
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1. some DNA mutations are silent, i.e. the corresponding protein sequence is the same. The protein alignment can give you better idea about the effect of the mutation, e.g. structural change, antibody design etc. 2. the translated protein sequences should be fine |
5樓2013-03-07 17:52:07
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