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yida木蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
Amorphous cell 中的密度問(wèn)題
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Amorphous cell 中對(duì)密度的定義為： Density: The density in g/cc of the output structure. In the packing task, if the packing region is constrained by an isosurface, this is the density of the isosurface enclosed volume. 但是不是很理解，是溶劑的密度還是其他啊？這個(gè)密度值如何確定啊？ |
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 模擬知識(shí)匯總 | Amorphous cell |
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xujc1983
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貌似以上的回帖都沒(méi)直接回答樓主的問(wèn)題。 首先，一般的construction任務(wù)，和一般的packing任務(wù)中，density指的是整個(gè)體系的密度。你在填充時(shí)會(huì)選擇一定數(shù)目的溶劑分子和溶質(zhì)分子，這時(shí)等于固定了質(zhì)量m。默認(rèn)設(shè)定的結(jié)構(gòu)模型是立方結(jié)構(gòu)，所以只要定義了密度后，體積就確定下來(lái)了，開(kāi)個(gè)立方就是晶格常數(shù)了。 有的時(shí)候會(huì)遇到稀溶液的模型，好像高分子中很常見(jiàn)，這時(shí)通常假定溶質(zhì)加入后溶液的密度與純?nèi)軇┑拿芏群芟嘟�，近似處理直接采用溶劑的密度�?br /> 其次，packing任務(wù)中有個(gè)more菜單，可以選擇在等值面閉合的空間內(nèi)進(jìn)行填充。比如說(shuō)有碳納米管的晶體結(jié)構(gòu)，管內(nèi)和管外是兩個(gè)不同的空間，通過(guò)創(chuàng)建和選擇等值面，可以只在管內(nèi)的空間內(nèi)進(jìn)行填充。這時(shí)設(shè)置的密度僅僅是這個(gè)空間內(nèi)填充分子后的密度。而不是整個(gè)體系（包括碳管和填充的分子）的密度。 最后，help文檔中有個(gè)碳管內(nèi)外填充的例子，樓主自己試試就明白了 |
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7樓2013-04-09 20:35:13
cg陳
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3樓2013-03-08 16:57:46
cg陳
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【答案】應(yīng)助回帖
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yida: 金幣+2, ★★★★★最佳答案 2013-03-11 16:03:21
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物質(zhì)的密度是T P N 的函數(shù)，通常所說(shuō)的密度都是在常溫常壓下測(cè)定的，由于液體可壓縮性較差，P的影響較小，溫度往往起著主要作用。 宏觀上講，一定N，T下，物質(zhì)的密度是一定的，但是具體到模擬，顯然V不能無(wú)限大，不然就是呈現(xiàn)氣體狀態(tài)了，所以V應(yīng)該是在一定溶劑相互作用范圍內(nèi)。 加多加少溶劑數(shù)目，這無(wú)所謂，只要這個(gè)盒子里溶劑分子分布一致，跟宏觀溶劑狀態(tài)近似就好。 |
4樓2013-03-10 18:05:14
yida
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5樓2013-04-08 22:19:47
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送紅花一朵 |
非常感謝，現(xiàn)在我采用volumn&surfaces 計(jì)算出盒子里的free volumn，根據(jù)水的密度值計(jì)算出盒子內(nèi)應(yīng)加入水分子的個(gè)數(shù)，采用sorption往盒子里加水分子，然后通過(guò)NPT動(dòng)力學(xué)平衡盒子使其接近實(shí)際體系，這樣可以嗎？ 還有個(gè)問(wèn)題想請(qǐng)教下您，就是我的電腦和服務(wù)器建立上了關(guān)聯(lián)，但是只有Discover和AC能提交上任務(wù)，并且AC中的Packing提交不到服務(wù)器上去，其他的模塊如Forcite也提交不上去，是不是電腦和服務(wù)器建立關(guān)聯(lián)要一個(gè)模塊一個(gè)模塊的建立關(guān)聯(lián)��？ 我在建模的過(guò)程中遇到了很多問(wèn)題，還請(qǐng)高手指點(diǎn)！ http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=5734236 |
8樓2013-04-10 10:48:14
ning_8023cui
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