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[求助]
amber MD過(guò)程中出現(xiàn)的問(wèn)題 求各位大神解答
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我做的是真空體系，最小化和加熱過(guò)程均沒(méi)有出現(xiàn)問(wèn)題，在MD的時(shí)候，out文件提示 The system has extended beyond the extent of the virtual box. Restarting sander will recalculate a new virtual box with 30 Angstroms extra on each side, if there is a restart file for this configuration. SANDER BOMB in subroutine Routine: map_coords (ew_force.f) Atom out of bounds. If a restart has been written, restarting should resolve the error 就跑了幾步之后就跑不下去了。。出現(xiàn)提示。。。怎么回事�。� |
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 amber |
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8樓2015-01-22 15:51:51
lccbat
金蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 5 (幼兒園)
- 金幣: 705.3
- 帖子: 18
- 在線: 49小時(shí)
- 蟲號(hào): 806940
- 注冊(cè): 2009-07-11
- 專業(yè): 理論和計(jì)算化學(xué)
2樓2013-03-08 14:15:42
3樓2013-03-08 14:48:39
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lingogo: 金幣+5, ★有幫助 2013-03-09 17:01:19
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
lingogo: 金幣+5, ★有幫助 2013-03-09 17:01:19
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有些東東我也不太確定，你可以試試。 restraint_wt=2.0, ntt=3 cut=10 另外你可以去amber的網(wǎng)站看看，例如： http://ambermd.org/tutorials/advanced/tutorial3/section1.htm 祝你好運(yùn) |
4樓2013-03-08 17:49:27
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