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gezhenpeng銅蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
怎樣生成Amber可用的石墨烯結(jié)構(gòu)文件
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| 求助一下，本人常用的軟件是VMD，NAMD，現(xiàn)在想用一下Amber，主要是因?yàn)锳mber中有極化力場(chǎng)。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到這點(diǎn)，請(qǐng)求指導(dǎo)，謝謝。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
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先要用工具包中parmchk工具check是不是有不識(shí)別或者不合適的鍵長(zhǎng)或二面角，命令格式如下： parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod 一些amber認(rèn)為異常的鍵長(zhǎng)鍵角信息包括在frcmod文件中。 然后在tleap命令中輸入以下命令： graphene=loadmol2 graphene.mol2 loadamberparams graphene.frcmod check graphene saveoff graphene.lib saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd prmtop文件就包含所有鍵，鍵角，二面角的信息 |
5樓2013-03-12 00:03:47
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9樓2013-03-28 15:37:41
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