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gezhenpeng銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
怎樣生成Amber可用的石墨烯結構文件
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| 求助一下，本人常用的軟件是VMD，NAMD，現(xiàn)在想用一下Amber，主要是因為Amber中有極化力場。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到這點，請求指導，謝謝。 |
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gezhenpeng
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4樓2013-03-11 20:02:58
張玲海
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2樓2013-03-10 20:03:29
liyincumt
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3樓2013-03-11 17:37:18
liyincumt
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【答案】應助回帖
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jiaoyixiong: 金幣+3, 贊 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝，沒及時給你評分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
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gezhenpeng: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝，沒及時給你評分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
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先要用工具包中parmchk工具check是不是有不識別或者不合適的鍵長或二面角，命令格式如下： parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod 一些amber認為異常的鍵長鍵角信息包括在frcmod文件中。 然后在tleap命令中輸入以下命令： graphene=loadmol2 graphene.mol2 loadamberparams graphene.frcmod check graphene saveoff graphene.lib saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd prmtop文件就包含所有鍵，鍵角，二面角的信息 |
5樓2013-03-12 00:03:47
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