 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1839 | 回復: 9 | |||
| 當前只顯示滿足指定條件的回帖，點擊這里查看本話題的所有回帖 | |||
gezhenpeng銅蟲 (小有名氣)
|
[求助]
怎樣生成Amber可用的石墨烯結(jié)構(gòu)文件
|
||
| 求助一下，本人常用的軟件是VMD，NAMD，現(xiàn)在想用一下Amber，主要是因為Amber中有極化力場。VMD中又很方便的工具生成石墨烯，不知道Amber怎么做到這點，請求指導，謝謝。 |
回復此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 TOMA'S INDEX |
» 猜你喜歡
一志愿哈爾濱工業(yè)大學材料與化工方向336分
已經(jīng)有5人回復
-
0856材料化工調(diào)劑 總分330
已經(jīng)有9人回復
-
085602 化工專碩 338分 求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復
-
352分 化工與材料
已經(jīng)有4人回復
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復
-
材料求調(diào)劑 一志愿哈工大總分298分，前三科223分
已經(jīng)有3人回復
-
材料求調(diào)劑一志愿哈工大324
已經(jīng)有4人回復
-
085600 286分 材料求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復
-
275求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復
» 本主題相關商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 求助如何生成有機物Amber的輸入文件，無PDB文件。
已經(jīng)有4人回復
- 石墨烯結(jié)構(gòu)文件的生成
已經(jīng)有9人回復
liyincumt
金蟲 (職業(yè)作家)
小學生
- 應助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 22506.2
- 散金: 730
- 紅花: 5
- 帖子: 3272
- 在線: 664.7小時
- 蟲號: 379584
- 注冊: 2007-05-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
3樓2013-03-11 17:37:18
張玲海
木蟲 (正式寫手)
- 應助: 3 (幼兒園)
- 金幣: 3027.1
- 散金: 766
- 紅花: 3
- 帖子: 399
- 在線: 1577.4小時
- 蟲號: 1419918
- 注冊: 2011-09-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
2樓2013-03-10 20:03:29
gezhenpeng
銅蟲 (小有名氣)
- 應助: 2 (幼兒園)
- 金幣: 740.3
- 紅花: 2
- 帖子: 115
- 在線: 155.7小時
- 蟲號: 968946
- 注冊: 2010-03-12
- 專業(yè): 理論和計算化學
4樓2013-03-11 20:02:58
liyincumt
金蟲 (職業(yè)作家)
小學生
- 應助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 22506.2
- 散金: 730
- 紅花: 5
- 帖子: 3272
- 在線: 664.7小時
- 蟲號: 379584
- 注冊: 2007-05-22
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
jiaoyixiong: 金幣+3, 贊 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝，沒及時給你評分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
jiaoyixiong: 金幣+3, 贊 2013-03-12 08:16:02
gezhenpeng: 金幣+20, ★★★很有幫助, 謝謝，沒及時給你評分，不好意思啊 2013-03-28 14:30:49
|
先要用工具包中parmchk工具check是不是有不識別或者不合適的鍵長或二面角，命令格式如下： parmchk -i graphene.mol2 -f mol2 -o graphene.frcmod 一些amber認為異常的鍵長鍵角信息包括在frcmod文件中。 然后在tleap命令中輸入以下命令： graphene=loadmol2 graphene.mol2 loadamberparams graphene.frcmod check graphene saveoff graphene.lib saveamberparm graphene graphene.prmtop graphene.inpcrd prmtop文件就包含所有鍵，鍵角，二面角的信息 |
5樓2013-03-12 00:03:47
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0856材料化工調(diào)劑 總分330 +9 | zhubinhao 2026-03-27 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 宋明欣 2026-03-27 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +6 | 孅華 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東理工大學081700，初試分數(shù)271 +6 | kotoko_ik 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 劉柯@ 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286求調(diào)劑 +4 | lim0922 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 351求調(diào)劑 +4 | 麥克阿磊 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 349求調(diào)劑 +4 | 李木子啊哈哈 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿北化求調(diào)劑 +3 | Jsman 2026-03-22 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 327求調(diào)劑 +7 | prayer13 2026-03-23 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 0703化學求調(diào)劑 +3 | 丹青奶蓋 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 材料考研求調(diào)劑 +3 | Dendel 2026-03-23 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥292求調(diào)劑 +6 | 小小陳小小 2026-03-22 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 081700 調(diào)劑 267分 +11 | 迷人的哈哈 2026-03-23 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑310 +3 | 溫柔的晚安 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿武理085500機械專業(yè)總分300求調(diào)劑 +3 | an10101 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +6 | 研研，接電話 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研]
 材料考研調(diào)劑生
+3
|
黃粱一夢千年 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研]
 一志愿070300浙大化學358分，求調(diào)劑！
+4
|
酥酥魚.. 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研]
一志愿東華大學控制學碩320求調(diào)劑
+3
|
Grand777 2026-03-21 | 3/150 |
|