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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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mengsk

金蟲 (著名寫手)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 109
散金: 995
紅花: 8
帖子: 1372
在線: 240.3小時
蟲號: 392814
注冊: 2007-06-05
性別: GG
專業(yè): 催化化學(xué)

[求助] 用gromacs只創(chuàng)建一個water box 已有1人參與

我現(xiàn)在想模擬一個陰離子和一個陽離子在水盒子中的情形：
   1. genbox -box 2 2 2 -o box.gro
   2. genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -o box_water.gro -p topol.top
   3. grompp -f em_sd.mdp -c box_water.gro -o ion.tpr -p topol.top
   4. genion -s ion.tpr -o box_water_F.gro -p topol.top -pname K -np 1 -nname F -nn 1

   第3步出錯，
Opening library file /home/qm/gmx407/share/gromacs/top/tip3p.itp

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: topio.c, line: 415

Fatal error:
Syntax error - File tip3p.itp, line 1
Last line read:
'[ moleculetype ]'
Invalid order for directive moleculetype
-------------------------------------------------------

"Bailed Out Of Edge Synchronization After 10,000 Iterations" (X/Motif)

請問哪里出錯了，應(yīng)該如何改正？謝謝！

[ Last edited by mengsk on 2013-3-25 at 11:31 ]

回復(fù)此樓

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奮斗中的小木蟲

1樓 2013-03-25 10:39:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

mayun284122

新蟲 (初入文壇)

應(yīng)助: 0 (幼兒園)
金幣: 3025.2
帖子: 43
在線: 58小時
蟲號: 3199238
注冊: 2014-05-12
專業(yè): 食品科學(xué)基礎(chǔ)

【答案】應(yīng)助回帖

樓主，我也遇到這個問題，請問你解決了嗎？我們可以商量一下。應(yīng)該就是說錯誤的分子類型指令吧？

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2014-11-03 14:33:14

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

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