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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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mengsk

金蟲 (著名寫手)

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專業(yè): 催化化學(xué)

[求助] 用gromacs只創(chuàng)建一個(gè)water box 已有1人參與

我現(xiàn)在想模擬一個(gè)陰離子和一個(gè)陽離子在水盒子中的情形：
   1. genbox -box 2 2 2 -o box.gro
   2. genbox -cp box.gro -cs spc216.gro -o box_water.gro -p topol.top
   3. grompp -f em_sd.mdp -c box_water.gro -o ion.tpr -p topol.top
   4. genion -s ion.tpr -o box_water_F.gro -p topol.top -pname K -np 1 -nname F -nn 1

   第3步出錯(cuò)，
Opening library file /home/qm/gmx407/share/gromacs/top/tip3p.itp

-------------------------------------------------------
Program grompp, VERSION 4.0.7
Source code file: topio.c, line: 415

Fatal error:
Syntax error - File tip3p.itp, line 1
Last line read:
'[ moleculetype ]'
Invalid order for directive moleculetype
-------------------------------------------------------

"Bailed Out Of Edge Synchronization After 10,000 Iterations" (X/Motif)

請問哪里出錯(cuò)了，應(yīng)該如何改正？謝謝！

[ Last edited by mengsk on 2013-3-25 at 11:31 ]

回復(fù)此樓

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mayun284122

新蟲 (初入文壇)

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