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王芳邊疆

金蟲 (正式寫手)

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[求助] 如何設(shè)計(jì)簡(jiǎn)便引物？

大家好，最近在做糞便宏基因組學(xué)的研究。為研究糞便菌群多樣性，需要將提取的總DNA進(jìn)行PCR擴(kuò)增。故此，想設(shè)計(jì)適合糞便菌群的簡(jiǎn)便引物。通過(guò)查詢NCBI網(wǎng)站發(fā)現(xiàn)已有15381條宏基因組信息。我想請(qǐng)問(wèn)各位大俠：我該如何從大量的信息（16S）中找到最為保守的序列，該如何使用最為保守的序列設(shè)計(jì)引物？謝謝您！

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引物設(shè)計(jì)求助~ 已經(jīng)有13人回復(fù)

溫暖定格

1樓 2013-03-26 13:30:29

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sunjiankc

鐵蟲 (初入文壇)

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【答案】應(yīng)助回帖

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王芳邊疆: 金幣+5, ★★★很有幫助 2013-03-26 20:20:01

細(xì)菌多樣性一般用16S保守序列就可以了，不需要兼并引物。你可以參考文獻(xiàn)
Design and Evaluation of Useful Bacterium-Specific PCR Primers That Amplify Genes Coding for Bacterial 16S rRNA
如果是做宏基因組，肯定需要公司測(cè)序的，他們會(huì)推薦給你引物。

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回復(fù)此樓

2樓2013-03-26 15:42:30

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