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1樓 2013-04-02 23:27:57

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niushuaiji

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【答案】應(yīng)助回帖

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wizardfan: 金幣+1, 謝謝參與�！皢渭兊囊院塑账嵝蛄羞M(jìn)行比較沒有多大意義”取決于實(shí)驗(yàn)?zāi)康�，不絕對。 2013-04-05 05:36:45

可以使用基因片段，特別是一個基因編碼的蛋白有幾個重復(fù)的保守域時，分段比對、建樹可以分析不同保守域的進(jìn)化過程；不過，由于密碼子的兼并性，個人建議翻譯成蛋白之后再建樹，單純的以核苷酸序列進(jìn)行比較沒有多大意義！

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5樓2013-04-04 11:49:37

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wizardfan

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要看你的實(shí)驗(yàn)?zāi)康�。你得到的進(jìn)化樹只反應(yīng)你所選用的序列。如果你的基因片段是保守區(qū)，那就沒什么大意思，比如是一個長基因中的唯一高變區(qū)，那這樣得到的結(jié)果和用整個長基因差別不大。

2樓2013-04-03 08:17:04

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rommel1941

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基因片段可以使用，不過要確定幾個問題。
1.是線粒體還是細(xì)胞核基因。
2.是否受到選擇。
3.序列長度和信息量。
4.你要做什么？
祝好！

將相本無種★男兒當(dāng)自強(qiáng)

3樓2013-04-03 14:37:50

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llp19870610

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4樓: Originally posted by weiruoxun at 2013-04-04 00:53:28
MEGA建樹一般只能用于NJ法，如果真要建樹的話推薦使用PAUP、PhyML和MrBayes建樹。
當(dāng)然，如果你只是隨便算算，不想得到很好的系統(tǒng)發(fā)育的結(jié)果的話用MEGA也可以。

能不能給我發(fā)送一個軟件，O(∩_∩)O謝謝

8樓2013-04-04 17:26:46

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wizardfan

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★
llp19870610: 金幣+1, ★★★很有幫助 2013-04-04 19:25:42

引用回帖:

7樓: Originally posted by llp19870610 at 2013-04-04 17:26:09
細(xì)胞核里的一個基因家族共9個基因，我只擴(kuò)增了各個基因的4到7外顯子片段，長度相對原長的30%吧，就是想把我自己擴(kuò)增片段對應(yīng)歸類，但是做出來的結(jié)果不是理想狀態(tài)。...

你這個要求更傾向于build alignment，用clustal更好些。

10樓2013-04-04 17:42:26

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weiruoxun

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wizardfan: 金幣+5, 應(yīng)助指數(shù)-1, 首貼獎勵，不過你的回答更傾向于交流，而不是回答問題 2013-04-04 07:55:38

MEGA建樹一般只能用于NJ法，如果真要建樹的話推薦使用PAUP、PhyML和MrBayes建樹。
當(dāng)然，如果你只是隨便算算，不想得到很好的系統(tǒng)發(fā)育的結(jié)果的話用MEGA也可以。

4樓2013-04-04 00:53:28

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llp19870610

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2樓: Originally posted by wizardfan at 2013-04-03 08:17:04
要看你的實(shí)驗(yàn)?zāi)康�。你得到的進(jìn)化樹只反應(yīng)你所選用的序列。如果你的基因片段是保守區(qū)，那就沒什么大意思，比如是一個長基因中的唯一高變區(qū)，那這樣得到的結(jié)果和用整個長基因差別不大。

我想分離一個基因家族，現(xiàn)在克隆的基因片段想歸類下，一共九個基因的相對應(yīng)片段，可以做嗎？

6樓2013-04-04 17:22:17

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3樓: Originally posted by rommel1941 at 2013-04-03 14:37:50
基因片段可以使用，不過要確定幾個問題。
1.是線粒體還是細(xì)胞核基因。
2.是否受到選擇。
3.序列長度和信息量。
4.你要做什么？
祝好！

細(xì)胞核里的一個基因家族共9個基因，我只擴(kuò)增了各個基因的4到7外顯子片段，長度相對原長的30%吧，就是想把我自己擴(kuò)增片段對應(yīng)歸類，但是做出來的結(jié)果不是理想狀態(tài)。

7樓2013-04-04 17:26:09

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5樓: Originally posted by niushuaiji at 2013-04-04 11:49:37
可以使用基因片段，特別是一個基因編碼的蛋白有幾個重復(fù)的保守域時，分段比對、建樹可以分析不同保守域的進(jìn)化過程；不過，由于密碼子的兼并性，個人建議翻譯成蛋白之后再建樹，單純的以核苷酸序列進(jìn)行比較沒有多大意 ...

細(xì)胞核里的一個基因家族共9個基因，我只擴(kuò)增了各個基因的4到7外顯子片段，長度相對原長的30%吧，就是想把我自己擴(kuò)增片段對應(yīng)歸類，但是做出來的結(jié)果不是理想狀態(tài)。如果翻譯成蛋白是不是就更分不開了？