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小木蟲(chóng)于金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
siesta計(jì)算時(shí)processorY的選擇
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最近計(jì)算時(shí)發(fā)現(xiàn)一些問(wèn)題。求幫助。 先把發(fā)現(xiàn)問(wèn)題的過(guò)程敘述一下: 我正在算石墨烯摻雜,由于摻雜位置多變,所以有又很多結(jié)構(gòu),我逐個(gè)進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。建好模型后分別放到了我們自己的服務(wù)器和超算的服務(wù)器上。同樣大小的任務(wù)放到我們的機(jī)器上計(jì)算非?。而放到超算的機(jī)器上計(jì)算非常慢。只有我們自己機(jī)器的五分之一。但是昨天發(fā)現(xiàn)超算上有一個(gè)任務(wù)算的很快,和我們自己的機(jī)器差不多,每個(gè)電子步只慢上10幾秒,很滿意(機(jī)器配置在最下面)。但是為何同樣的任務(wù)在超算上,有的快,有的慢。我很迷惑。后來(lái)逐個(gè)對(duì)比f(wàn)df.log中每個(gè)參數(shù),發(fā)現(xiàn)了問(wèn)題。凡事算的快的ProceesorY默認(rèn)值都是3,而慢的默認(rèn)值都是1。而我們自己的機(jī)器上processorY默認(rèn)值都是3. 然后我發(fā)算的慢的任務(wù)中把processorY都手動(dòng)設(shè)置成3,滿心歡喜會(huì)有好結(jié)果出來(lái),但是卻很失望,計(jì)算報(bào)錯(cuò): ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR STOP from Node: 0 ERROR STOP from Node: 0 [unset]: aborting job: application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0 差不多的任務(wù)(甚至同樣的任務(wù)),同樣的機(jī)器,為何這個(gè)processorY不能一樣。我該如何讓計(jì)算加速呢。 望高手教我。 我們的機(jī)器12核,3.4Ghz, 48G內(nèi)存。 超算機(jī)器12核,大約2.8Ghz,24G內(nèi)存 |
至尊木蟲(chóng) (職業(yè)作家)
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