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小木蟲于

金蟲 (正式寫手)

應(yīng)助: 5 (幼兒園)
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專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[求助] siesta計算時processorY的選擇

最近計算時發(fā)現(xiàn)一些問題。求幫助。
先把發(fā)現(xiàn)問題的過程敘述一下：
我正在算石墨烯摻雜，由于摻雜位置多變，所以有又很多結(jié)構(gòu)，我逐個進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化。建好模型后分別放到了我們自己的服務(wù)器和超算的服務(wù)器上。同樣大小的任務(wù)放到我們的機(jī)器上計算非�？臁６诺匠愕臋C(jī)器上計算非常慢。只有我們自己機(jī)器的五分之一。但是昨天發(fā)現(xiàn)超算上有一個任務(wù)算的很快，和我們自己的機(jī)器差不多，每個電子步只慢上10幾秒，很滿意（機(jī)器配置在最下面）。但是為何同樣的任務(wù)在超算上，有的快，有的慢。我很迷惑。后來逐個對比fdf.log中每個參數(shù)，發(fā)現(xiàn)了問題。凡事算的快的ProceesorY默認(rèn)值都是3，而慢的默認(rèn)值都是1。而我們自己的機(jī)器上processorY默認(rèn)值都是3. 然后我發(fā)算的慢的任務(wù)中把processorY都手動設(shè)置成3，滿心歡喜會有好結(jié)果出來，但是卻很失望，計算報錯：
ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR: ProcessorY must be a factor of the number of processors! ERROR STOP from Node: 0 ERROR STOP from Node: 0 [unset]: aborting job: application called MPI_Abort(MPI_COMM_WORLD, 1) - process 0

差不多的任務(wù)（甚至同樣的任務(wù)），同樣的機(jī)器，為何這個processorY不能一樣。我該如何讓計算加速呢。
望高手教我。

我們的機(jī)器12核，3.4Ghz， 48G內(nèi)存。
超算機(jī)器12核，大約2.8Ghz，24G內(nèi)存

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1樓 2013-04-03 18:35:28

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springxa

至尊木蟲 (職業(yè)作家)

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★
franch: 金幣+2, 謝謝回帖交流，， 2013-05-13 21:30:59

你在超算上機(jī)器上提交時如果processorY=3，那么你所用的核數(shù)必須為3、6、9、12
可能你提交到超算上的任務(wù)有個默認(rèn)的核數(shù)，你修改一下提交任務(wù)的腳本就可以了。

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回復(fù)此樓

2樓2013-05-12 13:45:28