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hunter2010鐵桿木蟲 (著名寫手)
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[求助]
關(guān)于多個castep jo在linux下的運行問題
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遇到和http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=806170帖子里面相同問題，望大家解答下。 復(fù)制下帖子內(nèi)容 我遇到的問題主要是關(guān)于多個castep的job的在執(zhí)行過程中的關(guān)系問題，我按照自己的理解把我遇到的問題描述如下，我百思不得其解，請大家討論幫忙： 比如我要計算鍺的聲子散射譜，同時計算態(tài)密度，則發(fā)現(xiàn)用materials studio生成的輸入文件是如下的一大堆： ====================== 2008-04-29 22:59 275 Ge.trjaux 2008-04-29 22:59 677 Ge.param 2008-04-29 22:59 15,947 Ge.cell 2008-04-29 22:59 731 Ge.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDisp.param 2008-04-29 22:59 17,493 Ge_PhonDisp.cell 2008-04-29 22:59 367 Ge_PhonDisp.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDOS.param 2008-04-29 22:59 17,561 Ge_PhonDOS.cell 2008-04-29 22:59 3,795 Ge_PhonDOS.kptaux ======================= 經(jīng)過分析，發(fā)現(xiàn)，上面由三個job,他們的任務(wù)的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS。 首先，我上面的這些文件是通過materials studio 中的計算聲子的設(shè)置得到的，具體的計算設(shè)置見我附件中的抓圖。 經(jīng)過上面的設(shè)置，可以得到上面的那些輸入文件，這些輸入文件，如果在materials studio 中運行的時候，我們也不用去考慮什么，但是，我就是，不明白，這些輸入文件，如果拿到linux下怎樣去具體的執(zhí)行他們，我的意思，還是說這些job之間在運行的時候的關(guān)系。 我曾經(jīng)在上海超級計算中心的曙光4000A的機器上首先執(zhí)行Ge 這個job， 然后，再分別執(zhí)行Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS這兩個job，都不能成功運行，但是，在我的windows下的materials studio 圖形用戶界面里提交，就不會有任何問題。 總之，我的問題是：如果用materials studio 圖形用戶界面為castep生成輸入文件的話，如果一次性生成的輸入文件有多 個cell和param文件，這時候，怎么樣在上海超級計算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正確的提交這些job來執(zhí)行這樣的castep任務(wù)��？ 非常疑惑！ |
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xujc1983
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實際上MS的Help文檔中有說明的，你還需要復(fù)制check文件為相應(yīng)的seedname 另外一個方便的方法是提交任務(wù)時，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp Ge_PhonDOS 這樣就可以像windows下的那樣連續(xù)計算了 |
2樓2013-04-09 09:17:38
hunter2010
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樓上的我們還見過面哈，你這網(wǎng)名暴露了你的身份了，哈哈。 3樓2013-04-09 10:53:56
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一樣的，就相當(dāng)于是win界面下的能量計算再算性質(zhì)和幾何優(yōu)化后再算性質(zhì) lsf腳本的話，得看腳本例子是怎么樣的，不過一般都差不多 比如： #!/bin/sh JOB_NAME_1="Ge" JOB_NAME_2="Ge_PhonDisp" JOB_NAME_3="Ge_PhonDOS" NP=64 APP_NAME=AMD_small RUN=" RAW" for host in $LSB_HOSTS do echo $host done > machines.LINUX export DSD_MachineList="./machines.LINUX" RunCASTEP.sh -np $NP $JOB_NAME_1 $JOB_NAME_2 $JOB_NAME_3 |
5樓2013-04-09 12:36:59
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6樓2013-04-09 23:30:25
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