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zhaohscas1976銀蟲 (小有名氣)
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[交流]
【討論】關于多個castep job的關系及其在linux下的運行問題。
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我遇到的問題主要是關于多個castep的job的在執(zhí)行過程中的關系問題，我按照自己的理解把我遇到的問題描述如下，我百思不得其解，請大家討論幫忙： 比如我要計算鍺的聲子散射譜，同時計算態(tài)密度，則發(fā)現(xiàn)用materials studio生成的輸入文件是如下的一大堆： ====================== 2008-04-29 22:59 275 Ge.trjaux 2008-04-29 22:59 677 Ge.param 2008-04-29 22:59 15,947 Ge.cell 2008-04-29 22:59 731 Ge.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDisp.param 2008-04-29 22:59 17,493 Ge_PhonDisp.cell 2008-04-29 22:59 367 Ge_PhonDisp.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDOS.param 2008-04-29 22:59 17,561 Ge_PhonDOS.cell 2008-04-29 22:59 3,795 Ge_PhonDOS.kptaux ======================= 經過分析，發(fā)現(xiàn)，上面由三個job,他們的任務的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS。 首先，我上面的這些文件是通過materials studio 中的計算聲子的設置得到的，具體的計算設置見我附件中的抓圖。 經過上面的設置，可以得到上面的那些輸入文件，這些輸入文件，如果在materials studio 中運行的時候，我們也不用去考慮什么，但是，我就是，不明白，這些輸入文件，如果拿到linux下怎樣去具體的執(zhí)行他們，我的意思，還是說這些job之間在運行的時候的關系。 我曾經在上海超級計算中心的曙光4000A的機器上首先執(zhí)行Ge 這個job， 然后，再分別執(zhí)行Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS這兩個job，都不能成功運行，但是，在我的windows下的materials studio 圖形用戶界面里提交，就不會有任何問題。 總之，我的問題是：如果用materials studio 圖形用戶界面為castep生成輸入文件的話，如果一次性生成的輸入文件有多 個cell和param文件，這時候，怎么樣在上海超級計算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正確的提交這些job來執(zhí)行這樣的castep任務�。� 非常疑惑！ |
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關于properties運算的問題
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zzgyb(金幣+4,VIP+0):謝謝你的參與，歡迎繼續(xù)關注計算模擬版！
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三個job,他們的任務的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS 你寫一個腳本，在計算完Ge job后，將Ge.check文件cp成Ge_PhonDisp.check Ge_PhonDOS.check 然后運行，就可以了。 .check文件是體系的電子波函數數據以及體系的其他關鍵數據記錄文件或者有人稱是檢查點文件，后續(xù)計算需要在這個基礎上進行的。 圖形界面是因為有一個后臺程序在處理這個工作。 參閱： help\Remote CASTEP jobs\Running CASTEP in standalone mode If you wish to calculate properties, you should execute the script for the main run first: RunCASTEP.sh -np 4 seedname When that run is complete, you should make copies of the .check file that will be used in all subsequent properties runs: cp seedname.check seedname_BandStr.check cp seedname.check seedname_DOS.check cp seedname.check seedname_Optics.check When the appropriate copies have been made, execute RunCASTEP for each properties run: RunCASTEP.sh -np 2 seedname_DOS RunCASTEP.sh -np 2 seedname_BandStr RunCASTEP.sh -np 4 seedname_Optics These jobs can be run independently because they do not share input or output files. [ Last edited by mink on 2008-5-6 at 17:41 ] |
3樓2008-05-06 17:33:28
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