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zhaohscas1976銀蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
【討論】關(guān)于多個(gè)castep job的關(guān)系及其在linux下的運(yùn)行問(wèn)題。
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我遇到的問(wèn)題主要是關(guān)于多個(gè)castep的job的在執(zhí)行過(guò)程中的關(guān)系問(wèn)題，我按照自己的理解把我遇到的問(wèn)題描述如下，我百思不得其解，請(qǐng)大家討論幫忙： 比如我要計(jì)算鍺的聲子散射譜，同時(shí)計(jì)算態(tài)密度，則發(fā)現(xiàn)用materials studio生成的輸入文件是如下的一大堆： ====================== 2008-04-29 22:59 275 Ge.trjaux 2008-04-29 22:59 677 Ge.param 2008-04-29 22:59 15,947 Ge.cell 2008-04-29 22:59 731 Ge.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDisp.param 2008-04-29 22:59 17,493 Ge_PhonDisp.cell 2008-04-29 22:59 367 Ge_PhonDisp.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDOS.param 2008-04-29 22:59 17,561 Ge_PhonDOS.cell 2008-04-29 22:59 3,795 Ge_PhonDOS.kptaux ======================= 經(jīng)過(guò)分析，發(fā)現(xiàn)，上面由三個(gè)job,他們的任務(wù)的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS。 首先，我上面的這些文件是通過(guò)materials studio 中的計(jì)算聲子的設(shè)置得到的，具體的計(jì)算設(shè)置見(jiàn)我附件中的抓圖。 經(jīng)過(guò)上面的設(shè)置，可以得到上面的那些輸入文件，這些輸入文件，如果在materials studio 中運(yùn)行的時(shí)候，我們也不用去考慮什么，但是，我就是，不明白，這些輸入文件，如果拿到linux下怎樣去具體的執(zhí)行他們，我的意思，還是說(shuō)這些job之間在運(yùn)行的時(shí)候的關(guān)系。 我曾經(jīng)在上海超級(jí)計(jì)算中心的曙光4000A的機(jī)器上首先執(zhí)行Ge 這個(gè)job， 然后，再分別執(zhí)行Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS這兩個(gè)job，都不能成功運(yùn)行，但是，在我的windows下的materials studio 圖形用戶(hù)界面里提交，就不會(huì)有任何問(wèn)題。 總之，我的問(wèn)題是：如果用materials studio 圖形用戶(hù)界面為castep生成輸入文件的話(huà)，如果一次性生成的輸入文件有多 個(gè)cell和param文件，這時(shí)候，怎么樣在上海超級(jí)計(jì)算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正確的提交這些job來(lái)執(zhí)行這樣的castep任務(wù)啊？ 非常疑惑！ |
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zhaohscas1976
銀蟲(chóng) (小有名氣)
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- 專(zhuān)業(yè): 半導(dǎo)體材料
仍然會(huì)遇到錯(cuò)誤！
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你好, 按照你的說(shuō)明，我進(jìn)行了計(jì)算，就是在主基本計(jì)算完成后，copy那個(gè)生成的check文件，但是在后續(xù)的計(jì)算中遇到了下面的錯(cuò)誤，而在materails sutio中則不會(huì)有錯(cuò)誤發(fā)生： ==================== secondd_phonon_linear_response: variable occupancy (metallic) systems are not supported ======================= |
4樓2008-05-11 12:27:33
truemantwo
木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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2樓2008-05-05 17:34:48
mink
至尊木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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關(guān)于properties運(yùn)算的問(wèn)題
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zzgyb(金幣+4,VIP+0):謝謝你的參與，歡迎繼續(xù)關(guān)注計(jì)算模擬版！
zzgyb(金幣+4,VIP+0):謝謝你的參與，歡迎繼續(xù)關(guān)注計(jì)算模擬版！
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三個(gè)job,他們的任務(wù)的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS 你寫(xiě)一個(gè)腳本，在計(jì)算完Ge job后，將Ge.check文件cp成Ge_PhonDisp.check Ge_PhonDOS.check 然后運(yùn)行，就可以了。 .check文件是體系的電子波函數(shù)數(shù)據(jù)以及體系的其他關(guān)鍵數(shù)據(jù)記錄文件或者有人稱(chēng)是檢查點(diǎn)文件，后續(xù)計(jì)算需要在這個(gè)基礎(chǔ)上進(jìn)行的。 圖形界面是因?yàn)橛幸粋�(gè)后臺(tái)程序在處理這個(gè)工作。 參閱： help\Remote CASTEP jobs\Running CASTEP in standalone mode If you wish to calculate properties, you should execute the script for the main run first: RunCASTEP.sh -np 4 seedname When that run is complete, you should make copies of the .check file that will be used in all subsequent properties runs: cp seedname.check seedname_BandStr.check cp seedname.check seedname_DOS.check cp seedname.check seedname_Optics.check When the appropriate copies have been made, execute RunCASTEP for each properties run: RunCASTEP.sh -np 2 seedname_DOS RunCASTEP.sh -np 2 seedname_BandStr RunCASTEP.sh -np 4 seedname_Optics These jobs can be run independently because they do not share input or output files. [ Last edited by mink on 2008-5-6 at 17:41 ] |
3樓2008-05-06 17:33:28
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