 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1217 | 回復(fù): 3 | ||||
| 當(dāng)前主題已經(jīng)存檔。 | ||||
zhaohscas1976銀蟲 (小有名氣)
|
[交流]
【討論】關(guān)于多個(gè)castep job的關(guān)系及其在linux下的運(yùn)行問題。
|
|||
|
我遇到的問題主要是關(guān)于多個(gè)castep的job的在執(zhí)行過(guò)程中的關(guān)系問題，我按照自己的理解把我遇到的問題描述如下，我百思不得其解，請(qǐng)大家討論幫忙： 比如我要計(jì)算鍺的聲子散射譜，同時(shí)計(jì)算態(tài)密度，則發(fā)現(xiàn)用materials studio生成的輸入文件是如下的一大堆： ====================== 2008-04-29 22:59 275 Ge.trjaux 2008-04-29 22:59 677 Ge.param 2008-04-29 22:59 15,947 Ge.cell 2008-04-29 22:59 731 Ge.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDisp.param 2008-04-29 22:59 17,493 Ge_PhonDisp.cell 2008-04-29 22:59 367 Ge_PhonDisp.kptaux 2008-04-29 22:59 445 Ge_PhonDOS.param 2008-04-29 22:59 17,561 Ge_PhonDOS.cell 2008-04-29 22:59 3,795 Ge_PhonDOS.kptaux ======================= 經(jīng)過(guò)分析，發(fā)現(xiàn)，上面由三個(gè)job,他們的任務(wù)的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS。 首先，我上面的這些文件是通過(guò)materials studio 中的計(jì)算聲子的設(shè)置得到的，具體的計(jì)算設(shè)置見我附件中的抓圖。 經(jīng)過(guò)上面的設(shè)置，可以得到上面的那些輸入文件，這些輸入文件，如果在materials studio 中運(yùn)行的時(shí)候，我們也不用去考慮什么，但是，我就是，不明白，這些輸入文件，如果拿到linux下怎樣去具體的執(zhí)行他們，我的意思，還是說(shuō)這些job之間在運(yùn)行的時(shí)候的關(guān)系。 我曾經(jīng)在上海超級(jí)計(jì)算中心的曙光4000A的機(jī)器上首先執(zhí)行Ge 這個(gè)job， 然后，再分別執(zhí)行Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS這兩個(gè)job，都不能成功運(yùn)行，但是，在我的windows下的materials studio 圖形用戶界面里提交，就不會(huì)有任何問題。 總之，我的問題是：如果用materials studio 圖形用戶界面為castep生成輸入文件的話，如果一次性生成的輸入文件有多 個(gè)cell和param文件，這時(shí)候，怎么樣在上海超級(jí)計(jì)算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正確的提交這些job來(lái)執(zhí)行這樣的castep任務(wù)啊？ 非常疑惑！ |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 Photochemistry |
» 猜你喜歡
求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
材料277求調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
數(shù)一英一271專碩（085401）求調(diào)劑，可跨
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
291求調(diào)劑
已經(jīng)有21人回復(fù)
-
一志愿哈爾濱工業(yè)大學(xué)材料與化工方向336分
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
藥學(xué)105500求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
考研調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0703化學(xué)
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
學(xué)碩274求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
321求調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
truemantwo
木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 4178.2
- 散金: 56
- 紅花: 3
- 帖子: 371
- 在線: 314.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 240829
- 注冊(cè): 2006-04-09
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
2樓2008-05-05 17:34:48
mink
至尊木蟲 (著名寫手)
- 應(yīng)助: 15 (小學(xué)生)
- 金幣: 16356.9
- 散金: 245
- 紅花: 1
- 帖子: 2877
- 在線: 613.3小時(shí)
- 蟲號(hào): 138630
- 注冊(cè): 2005-12-18
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
關(guān)于properties運(yùn)算的問題
★ ★ ★ ★
zzgyb(金幣+4,VIP+0):謝謝你的參與，歡迎繼續(xù)關(guān)注計(jì)算模擬版！
zzgyb(金幣+4,VIP+0):謝謝你的參與，歡迎繼續(xù)關(guān)注計(jì)算模擬版！
|
三個(gè)job,他們的任務(wù)的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp 和Ge_PhonDOS 你寫一個(gè)腳本，在計(jì)算完Ge job后，將Ge.check文件cp成Ge_PhonDisp.check Ge_PhonDOS.check 然后運(yùn)行，就可以了。 .check文件是體系的電子波函數(shù)數(shù)據(jù)以及體系的其他關(guān)鍵數(shù)據(jù)記錄文件或者有人稱是檢查點(diǎn)文件，后續(xù)計(jì)算需要在這個(gè)基礎(chǔ)上進(jìn)行的。 圖形界面是因?yàn)橛幸粋�(gè)后臺(tái)程序在處理這個(gè)工作。 參閱： help\Remote CASTEP jobs\Running CASTEP in standalone mode If you wish to calculate properties, you should execute the script for the main run first: RunCASTEP.sh -np 4 seedname When that run is complete, you should make copies of the .check file that will be used in all subsequent properties runs: cp seedname.check seedname_BandStr.check cp seedname.check seedname_DOS.check cp seedname.check seedname_Optics.check When the appropriate copies have been made, execute RunCASTEP for each properties run: RunCASTEP.sh -np 2 seedname_DOS RunCASTEP.sh -np 2 seedname_BandStr RunCASTEP.sh -np 4 seedname_Optics These jobs can be run independently because they do not share input or output files. [ Last edited by mink on 2008-5-6 at 17:41 ] |
3樓2008-05-06 17:33:28
zhaohscas1976
銀蟲 (小有名氣)
- 1ST強(qiáng)帖: 1
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 792.9
- 散金: 6
- 紅花: 4
- 帖子: 135
- 在線: 54.7小時(shí)
- 蟲號(hào): 553808
- 注冊(cè): 2008-05-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 半導(dǎo)體材料
仍然會(huì)遇到錯(cuò)誤！
|
你好, 按照你的說(shuō)明，我進(jìn)行了計(jì)算，就是在主基本計(jì)算完成后，copy那個(gè)生成的check文件，但是在后續(xù)的計(jì)算中遇到了下面的錯(cuò)誤，而在materails sutio中則不會(huì)有錯(cuò)誤發(fā)生： ==================== secondd_phonon_linear_response: variable occupancy (metallic) systems are not supported ======================= |
4樓2008-05-11 12:27:33
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 zhaohscas1976 的主題更新
| 4 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 291求調(diào)劑 +15 | hhhhxn.. 2026-03-23 | 21/1050 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +3 | 希望上岸阿小楊 2026-03-23 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 328求調(diào)劑 +7 | 嗯滴的基本都 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
[考研] 0703化學(xué)求調(diào)劑，各位老師看看我�。。� +5 | 祁祺祺 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 265求調(diào)劑11408 +3 | 劉小鹿lu 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 287求調(diào)劑 +10 | land xuxu 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +4 | 我真的很想學(xué)習(xí) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 312求調(diào)劑 +9 | 上岸吧ZJY 2026-03-22 | 13/650 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 李嘉圖·S·路 2026-03-27 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料學(xué)碩333求調(diào)劑 +8 | 北道巷 2026-03-24 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 281求調(diào)劑 +3 | 亞克西good 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 資源與環(huán)境 調(diào)劑申請(qǐng)(333分) +9 | holy J 2026-03-21 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 環(huán)境專碩324分求調(diào)劑推薦 +5 | 軒小寧—— 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 309求調(diào)劑 +4 | gajsj 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿上海交大生物與醫(yī)藥專碩324分，求調(diào)劑 +6 | jiajunX 2026-03-22 | 6/300 |
|
|
|
[考研] B區(qū)考研調(diào)劑 +4 | yqdszhdap－ 2026-03-22 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)學(xué)碩求調(diào)劑 +7 | 小羊睡著了? 2026-03-23 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿重慶大學(xué)085700資源與環(huán)境，總分308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-23 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑一志愿海大，0703化學(xué)學(xué)碩304分，有大創(chuàng)項(xiàng)目，四級(jí)已過(guò) +6 | 幸運(yùn)哩哩 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 285求調(diào)劑 +6 | ytter 2026-03-22 | 6/300 |
|