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hunter2010

鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

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[求助] 關(guān)于多個(gè)castep jo在linux下的運(yùn)行問(wèn)題

遇到和http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=806170帖子里面相同問(wèn)題，望大家解答下。

復(fù)制下帖子內(nèi)容

我遇到的問(wèn)題主要是關(guān)于多個(gè)castep的job的在執(zhí)行過(guò)程中的關(guān)系問(wèn)題，我按照自己的理解把我遇到的問(wèn)題描述如下，我百思不得其解，請(qǐng)大家討論幫忙：

比如我要計(jì)算鍺的聲子散射譜，同時(shí)計(jì)算態(tài)密度，則發(fā)現(xiàn)用materials studio生成的輸入文件是如下的一大堆：

======================
2008-04-29  22:59             275 Ge.trjaux
2008-04-29  22:59             677 Ge.param
2008-04-29  22:59          15,947 Ge.cell
2008-04-29  22:59             731 Ge.kptaux
2008-04-29  22:59             445 Ge_PhonDisp.param
2008-04-29  22:59          17,493 Ge_PhonDisp.cell
2008-04-29  22:59             367 Ge_PhonDisp.kptaux
2008-04-29  22:59             445 Ge_PhonDOS.param
2008-04-29  22:59          17,561 Ge_PhonDOS.cell
2008-04-29  22:59          3,795 Ge_PhonDOS.kptaux
=======================

經(jīng)過(guò)分析，發(fā)現(xiàn)，上面由三個(gè)job,他們的任務(wù)的basename分別是：Ge、Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS。

首先，我上面的這些文件是通過(guò)materials studio 中的計(jì)算聲子的設(shè)置得到的，具體的計(jì)算設(shè)置見(jiàn)我附件中的抓圖。

經(jīng)過(guò)上面的設(shè)置，可以得到上面的那些輸入文件，這些輸入文件，如果在materials studio 中運(yùn)行的時(shí)候，我們也不用去考慮什么，但是，我就是，不明白，這些輸入文件，如果拿到linux下怎樣去具體的執(zhí)行他們，我的意思，還是說(shuō)這些job之間在運(yùn)行的時(shí)候的關(guān)系。

我曾經(jīng)在上海超級(jí)計(jì)算中心的曙光4000A的機(jī)器上首先執(zhí)行Ge 這個(gè)job，然后，再分別執(zhí)行Ge_PhonDisp  和Ge_PhonDOS這兩個(gè)job，都不能成功運(yùn)行，但是，在我的windows下的materials studio 圖形用戶(hù)界面里提交，就不會(huì)有任何問(wèn)題。

總之，我的問(wèn)題是：如果用materials studio 圖形用戶(hù)界面為castep生成輸入文件的話(huà)，如果一次性生成的輸入文件有多
個(gè)cell和param文件，這時(shí)候，怎么樣在上海超級(jí)計(jì)算中心或其他的linux或unix下用命令行的方式正確的提交這些job來(lái)執(zhí)行這樣的castep任務(wù)��？

非常疑惑！

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1樓 2013-04-09 04:49:38

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xujc1983

木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

苦逼青椒一枚

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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實(shí)際上MS的Help文檔中有說(shuō)明的，你還需要復(fù)制check文件為相應(yīng)的seedname
另外一個(gè)方便的方法是提交任務(wù)時(shí)，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp Ge_PhonDOS
這樣就可以像windows下的那樣連續(xù)計(jì)算了

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2樓2013-04-09 09:17:38

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2樓: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 09:17:38
實(shí)際上MS的Help文檔中有說(shuō)明的，你還需要復(fù)制check文件為相應(yīng)的seedname
另外一個(gè)方便的方法是提交任務(wù)時(shí)，直接RunCASTEP.sh -np 8 Ge Ge_PhonDisp Ge_PhonDOS
這樣就可以像windows下的那樣連續(xù)計(jì)算了

樓上的我們還見(jiàn)過(guò)面哈，你這網(wǎng)名暴露了你的身份了，哈哈。

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3樓2013-04-09 10:53:56

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我看getaway是先跑單點(diǎn)能，然后在計(jì)算性質(zhì)。幾何優(yōu)化的check文件是否可以用來(lái)計(jì)算性質(zhì)呢？當(dāng)然參數(shù)完全一樣的。

還有一點(diǎn)就是如何用.lsf腳本來(lái)使用簡(jiǎn)單方法呢？

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4樓2013-04-09 11:13:59

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4樓: Originally posted by hunter2010 at 2013-04-09 11:13:59
我看getaway是先跑單點(diǎn)能，然后在計(jì)算性質(zhì)。幾何優(yōu)化的check文件是否可以用來(lái)計(jì)算性質(zhì)呢？當(dāng)然參數(shù)完全一樣的。

還有一點(diǎn)就是如何用.lsf腳本來(lái)使用簡(jiǎn)單方法呢？...

一樣的，就相當(dāng)于是win界面下的能量計(jì)算再算性質(zhì)和幾何優(yōu)化后再算性質(zhì)
lsf腳本的話(huà)，得看腳本例子是怎么樣的，不過(guò)一般都差不多
比如：
#!/bin/sh

JOB_NAME_1="Ge"
JOB_NAME_2="Ge_PhonDisp"
JOB_NAME_3="Ge_PhonDOS"
NP=64
APP_NAME=AMD_small
RUN=" RAW"
for host in $LSB_HOSTS
do
echo $host
done > machines.LINUX
export DSD_MachineList="./machines.LINUX"
RunCASTEP.sh -np $NP $JOB_NAME_1 $JOB_NAME_2 $JOB_NAME_3

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5樓2013-04-09 12:36:59

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5樓: Originally posted by xujc1983 at 2013-04-09 12:36:59
一樣的，就相當(dāng)于是win界面下的能量計(jì)算再算性質(zhì)和幾何優(yōu)化后再算性質(zhì)
lsf腳本的話(huà)，得看腳本例子是怎么樣的，不過(guò)一般都差不多
比如：
#!/bin/sh

JOB_NAME_1="Ge"
JOB_NAME_2="Ge_PhonDisp ...

要復(fù)制幾何優(yōu)化的check文件，單點(diǎn)能check文件無(wú)法計(jì)算的，會(huì)提示幾何優(yōu)化未完成，多謝了噢。

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6樓2013-04-09 23:30:25

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