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MS6.0 Dmol3 CPU效率波動問題
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新搭建的集群： Rocks 6.1 , 12個節(jié)點, 每個節(jié)點雙路12核(E5-2620)，24G DDR3 1333內(nèi)存. Redhat 6.3，每節(jié)點連接到同一個infiniband交換機和一個千兆交換機。 安裝materials studio 6.0. 問題： 91個原子氨基酸多肽，Dmol3優(yōu)化，CPU效率平穩(wěn)，在95％以上，偶爾掉到50％，瞬間恢復。內(nèi)存使用在18G左右 391個原子蛋白鏈段，Dmol3優(yōu)化，CPU效率波動明顯且有規(guī)律，間隔半分鐘左右12個dmol進程掉到0.x%,或者 一半進程掉到0.x%,一會兒又恢復到9x%. 內(nèi)存占用22G左右。 試過在另外一臺老的集群上算同樣的model, 該集群沒用Rocks, MS版本為5.5，4個節(jié)點，每節(jié)點8核，16G內(nèi)存，千兆網(wǎng)絡。算同樣的model，不管是大的還是小的model，效率平穩(wěn)在99～100％。 嘗試過的解決方法： 換裝MS5.5， 沒解決； 用一個節(jié)點算，依然波動，但波動幅度減小，排除網(wǎng)絡通信的原因； MPI的問題，換了MS5.5， MS5.5用的Hpmpi, MS6.0是intelMPI, 但是問題依舊； 初步認為是內(nèi)存的問題， 但是老集群上也是每核配2G內(nèi)存，大model內(nèi)存占用在15G左右，CPU效率依然穩(wěn)定。 大家看看是什么原因呢？ ps,圖上兩邊的是算的大model的CPU效率，中間是小model的CPU效率 ganglia監(jiān)控.jpg |
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