 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 2525 | 回復(fù): 4 | |||
[求助]
離子液體模擬：如何從別的軟件移植力場到Gromacs（itp文件的含義以及如何寫itp文件）
|
|
我要做純的離子液體盒子，使用的力場是從文獻(xiàn)里下的，是DL-POLY軟件的格式（附件1），我準(zhǔn)備把它寫成gromacs的itp文件，然后我看了下gromacs manual 上關(guān)于itp文件的說明（附件2），里面有一個(gè)itp文件的例子，其內(nèi)容和我下的東西看起來差不多，但是覺得里面好像說的都是分子結(jié)構(gòu)啊，而且例子里在top文件里就沒有再給結(jié)構(gòu)了，只是給了分子數(shù)目和include了itp，反而是有這么一行引用力場的文件： #include "gmx.ff/forcefield.itp" 那么manual上給的例子，itp文件是力場還是分子結(jié)構(gòu)��？ 還有如果我把力場寫好了，還要用高斯優(yōu)化離子對結(jié)構(gòu)做一個(gè)pdb，然后做成top再genbox，然后把力場.itp給include進(jìn)去，是這樣嘛？還是像這個(gè)例子里寫上分子數(shù)目就行了？ 另外，在哪里可以找到itp文件里各個(gè)參數(shù)的說明��？我得弄清楚各項(xiàng)的含義是什么，網(wǎng)上搜不到...最好有教你怎么寫itp文件的例子 謝謝啦 |
回復(fù)此樓» 本帖附件資源列表
-
歡迎監(jiān)督和反饋：小木蟲僅提供交流平臺(tái)，不對該內(nèi)容負(fù)責(zé)。
本內(nèi)容由用戶自主發(fā)布，如果其內(nèi)容涉及到知識(shí)產(chǎn)權(quán)問題，其責(zé)任在于用戶本人，如對版權(quán)有異議，請聯(lián)系郵箱：xiaomuchong@tal.com - 附件 1 : CLP.txt
- 附件 2 : output.pdf
2013-05-07 06:40:11, 22.89 K
2013-05-07 06:40:15, 73.78 K
» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 xuexijisuan |
» 猜你喜歡
0703化學(xué)/290求調(diào)劑/本科經(jīng)歷豐富/工科也可
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
南京大學(xué)化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
292求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料專碩調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
085601材料工程找調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
面上5B能上會(huì)嗎？
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
化學(xué)308分調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑
已經(jīng)有25人回復(fù)
-
求化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
085602 化學(xué)工程專碩 340分求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)商家推薦: (我也要在這里推廣)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對您同樣有幫助:
- gromacs 添加新的力場pdb2gmx報(bào)錯(cuò)
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 用gromacs時(shí)，糖與肽相連的力場怎么解決？
已經(jīng)有13人回復(fù)
- gromacs oplsaa 力場中的原子類型
已經(jīng)有6人回復(fù)
- Gromacs4.5.5版本中安裝GLYCAM糖鏈模擬力場問題請教？？
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 求Gromacs中Glycam力場數(shù)據(jù)包。。非常感謝
已經(jīng)有5人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場
已經(jīng)有8人回復(fù)
2樓2013-05-08 06:40:53
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wbn: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-05-08 23:50:09
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wbn: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-05-08 23:50:09
|
1、先讀gromacs的手冊，仔細(xì)閱讀itp文件的那一章，這部分內(nèi)容說的比其他任何人說的都權(quán)威詳細(xì) 2、你可以打開任意一個(gè)例子文件的itp文件，用寫字板打開就能看到文件的內(nèi)容和格式。 3、個(gè)人愚見：structure 是坐標(biāo)文件，每個(gè)原子的xyz坐標(biāo)，一般的gro，pdb文件；force field 就是力場了嘛，就是告訴你原子之間的成鍵情況，以及鍵長鍵能大小，非鍵相互作用等等。力場一般你只需要從軟件里選擇就行了，如果你模擬的對象比較特殊，可能需要你自己去尋找新的力場文件。 |
3樓2013-05-08 08:26:00
4樓2013-05-08 23:54:41
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
wbn: 金幣+40, ★★★★★最佳答案, 嗯，我好像差不多明白了，謝謝 2013-05-10 05:48:25
wbn: 金幣+40, ★★★★★最佳答案, 嗯，我好像差不多明白了，謝謝 2013-05-10 05:48:25
|
比如我的 gro 文件中的一部分： 36DPPC NC3 1 18.208 7.007 59.608 36DPPC PO4 2 18.422 6.811 59.976 36DPPC GL1 3 18.660 7.089 60.226 36DPPC GL2 4 18.587 7.416 60.230 36DPPC C1A 5 18.642 7.077 60.691 36DPPC C2A 6 18.725 7.215 61.110 36DPPC C3A 7 18.652 7.173 61.537 36DPPC C4A 8 18.643 6.878 61.865 36DPPC C1B 9 18.764 7.568 60.577 36DPPC C2B 10 18.676 7.668 60.980 36DPPC C3B 11 18.981 7.644 61.338 36DPPC C4B 12 18.973 7.685 61.800 這是一個(gè)DPPC分子的初始坐標(biāo)文件（初始模型），有了這個(gè)之后，就需要選擇合適的力場文件來模擬，就需要拓?fù)湮募?.top) 拓?fù)湮募袝?huì)告訴你一共有多少個(gè)分子，每個(gè)個(gè)DPPC分子中，哪兩個(gè)原子之間成鍵，哪三個(gè)成角等等力場信息。而每個(gè)原子的坐標(biāo)，隨著模擬的時(shí)間都在變化的，但是分子中的各個(gè)原子間的拓?fù)潢P(guān)系不會(huì)變。這樣不重復(fù)啊。 不知我這樣理解是否正確。 |
5樓2013-05-09 08:37:58
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 wbn 的主題更新
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 085602 化學(xué)工程專碩 340分求調(diào)劑 +3 | qianbai11 2026-03-29 | 3/150 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703本科鄭州大學(xué)求調(diào)劑 +6 | nhj_ 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318求調(diào)劑 +7 | 陳晨79 2026-03-30 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 317求調(diào)劑 +10 | 蛋黃咸肉粽 2026-03-26 | 10/500 |
|
|
|
[考博] 26申博自薦 +6 | whh869393 2026-03-24 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華東師范大學(xué)有機(jī)化學(xué)專業(yè)，初試351分，復(fù)試被刷求調(diào)劑! +5 | 真名有冰 2026-03-29 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 085600 材料與化工 329分求調(diào)劑 +14 | Mr. Z 2026-03-25 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 求收留 +5 | 1943443204 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 343求調(diào)劑 +5 | 愛羈絆 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 295材料工程專碩求調(diào)劑 +7 | 1428151015 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +5 | 舊吢 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 調(diào)劑 +3 | 好好讀書。 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)105500求調(diào)劑 +3 | Ssun。。 2026-03-28 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 安徽大學(xué)專碩生物與醫(yī)藥專業(yè)(086000)324分，英語已過四六級，六級521，求調(diào)劑 +4 | 美味可樂雞翅 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 08開頭275求調(diào)劑 +4 | 拉誰不重要 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 348求調(diào)劑 +4 | 小懶蟲不懶了 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 314求調(diào)劑 +3 | 溪云珂 2026-03-26 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿河工大 081700 276求調(diào)劑 +4 | 地球繞著太陽轉(zhuǎn) 2026-03-23 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 各位老師您好：本人初試372分 +5 | jj涌77 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料與化工303分求調(diào)劑 +4 | 為學(xué)666 2026-03-24 | 4/200 |
|