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離子液體模擬：如何從別的軟件移植力場(chǎng)到Gromacs（itp文件的含義以及如何寫itp文件）
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我要做純的離子液體盒子，使用的力場(chǎng)是從文獻(xiàn)里下的，是DL-POLY軟件的格式（附件1），我準(zhǔn)備把它寫成gromacs的itp文件，然后我看了下gromacs manual 上關(guān)于itp文件的說明（附件2），里面有一個(gè)itp文件的例子，其內(nèi)容和我下的東西看起來差不多，但是覺得里面好像說的都是分子結(jié)構(gòu)啊，而且例子里在top文件里就沒有再給結(jié)構(gòu)了，只是給了分子數(shù)目和include了itp，反而是有這么一行引用力場(chǎng)的文件： #include "gmx.ff/forcefield.itp" 那么manual上給的例子，itp文件是力場(chǎng)還是分子結(jié)構(gòu)�。� 還有如果我把力場(chǎng)寫好了，還要用高斯優(yōu)化離子對(duì)結(jié)構(gòu)做一個(gè)pdb，然后做成top再genbox，然后把力場(chǎng).itp給include進(jìn)去，是這樣嘛？還是像這個(gè)例子里寫上分子數(shù)目就行了？ 另外，在哪里可以找到itp文件里各個(gè)參數(shù)的說明啊？我得弄清楚各項(xiàng)的含義是什么，網(wǎng)上搜不到...最好有教你怎么寫itp文件的例子 謝謝啦 |
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2013-05-07 06:40:11, 22.89 K
2013-05-07 06:40:15, 73.78 K
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4樓2013-05-08 23:54:41
2樓2013-05-08 06:40:53
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wbn: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-05-08 23:50:09
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
wbn: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-05-08 23:50:09
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1、先讀gromacs的手冊(cè)，仔細(xì)閱讀itp文件的那一章，這部分內(nèi)容說的比其他任何人說的都權(quán)威詳細(xì) 2、你可以打開任意一個(gè)例子文件的itp文件，用寫字板打開就能看到文件的內(nèi)容和格式。 3、個(gè)人愚見：structure 是坐標(biāo)文件，每個(gè)原子的xyz坐標(biāo)，一般的gro，pdb文件；force field 就是力場(chǎng)了嘛，就是告訴你原子之間的成鍵情況，以及鍵長(zhǎng)鍵能大小，非鍵相互作用等等。力場(chǎng)一般你只需要從軟件里選擇就行了，如果你模擬的對(duì)象比較特殊，可能需要你自己去尋找新的力場(chǎng)文件。 |
3樓2013-05-08 08:26:00
【答案】應(yīng)助回帖
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wbn: 金幣+40, ★★★★★最佳答案, 嗯，我好像差不多明白了，謝謝 2013-05-10 05:48:25
wbn: 金幣+40, ★★★★★最佳答案, 嗯，我好像差不多明白了，謝謝 2013-05-10 05:48:25
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比如我的 gro 文件中的一部分： 36DPPC NC3 1 18.208 7.007 59.608 36DPPC PO4 2 18.422 6.811 59.976 36DPPC GL1 3 18.660 7.089 60.226 36DPPC GL2 4 18.587 7.416 60.230 36DPPC C1A 5 18.642 7.077 60.691 36DPPC C2A 6 18.725 7.215 61.110 36DPPC C3A 7 18.652 7.173 61.537 36DPPC C4A 8 18.643 6.878 61.865 36DPPC C1B 9 18.764 7.568 60.577 36DPPC C2B 10 18.676 7.668 60.980 36DPPC C3B 11 18.981 7.644 61.338 36DPPC C4B 12 18.973 7.685 61.800 這是一個(gè)DPPC分子的初始坐標(biāo)文件（初始模型），有了這個(gè)之后，就需要選擇合適的力場(chǎng)文件來模擬，就需要拓?fù)湮募?.top) 拓?fù)湮募袝?huì)告訴你一共有多少個(gè)分子，每個(gè)個(gè)DPPC分子中，哪兩個(gè)原子之間成鍵，哪三個(gè)成角等等力場(chǎng)信息。而每個(gè)原子的坐標(biāo)，隨著模擬的時(shí)間都在變化的，但是分子中的各個(gè)原子間的拓?fù)潢P(guān)系不會(huì)變。這樣不重復(fù)啊。 不知我這樣理解是否正確。 |
5樓2013-05-09 08:37:58
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