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cya_yanan銀蟲 (小有名氣)
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[求助]
用BALST比對相似高的序列建樹，為什么不在同一分支呢
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| 如題，測序得到幾個(gè)序列，BLAST后得到幾個(gè)相似性很高的序列，可是建樹的時(shí)候他們不在一個(gè)分支啊，怎么回事啊 ，新人啊 |
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建樹之前是需要做其他的模型檢驗(yàn)的，建樹的根本是序列在進(jìn)化過程中的變化，假如在一個(gè)漫長的進(jìn)化過程中（可能是數(shù)百萬年乃至上億年），某一個(gè)位點(diǎn)的堿基由A變成G,然后再有G突變成A，而另外一個(gè)物種的的該位點(diǎn)始終是A，表面上著兩個(gè)序列式一樣的，那么他們的進(jìn)化是不一樣的，在建數(shù)的時(shí)候不是僅僅比較序列相似性，點(diǎn)一點(diǎn)軟件這么簡單，這樣子建的樹，可信度往往很低，建樹要對序列位點(diǎn)選擇壓力驗(yàn)證，某些位點(diǎn)是正向突變，反向突變還是中性突變。此外，要進(jìn)行飽和性檢驗(yàn)，已經(jīng)達(dá)到位點(diǎn)飽和的序列是不適合用來建進(jìn)化樹的，所有不是所有的序列都能拿來搞進(jìn)化的。 希望可以幫到你~~ |
8樓2013-11-08 18:55:56
2樓2013-05-12 09:06:36
wizardfan
至尊木蟲 (著名寫手)
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3樓2013-05-12 09:36:31
cya_yanan
銀蟲 (小有名氣)
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4樓2013-05-27 16:01:08
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