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不葉玨鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
在網(wǎng)頁上BLAST和本地BLAST的結(jié)果不一致
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最近我在其他綠色植物中找TE序列，我發(fā)現(xiàn)在網(wǎng)頁上進(jìn)行blastn是可以找到很長的片段：比如在網(wǎng)頁上我能得到4000bp多的match。 但是我把這個(gè)genome下載下來進(jìn)行本地blastn的時(shí)候，就只能得到一些很短的片段： 這里就只有1300bp左右了。 網(wǎng)站是：http://www.phytozome.org/search.php 我的本地blastn的參數(shù)是：blastall -p blastn -e 1e-5 -I T -F F -d XXX -i XXX -o XXX 另外，這個(gè)網(wǎng)站上用的也是NCBI BLAST。所以程序是一樣的。 我也有把在網(wǎng)頁上match的對應(yīng)的genome序列拿下來在本地的genome上去找，能找到這段序列。說明genome是一樣的。 所以我就不明白為什么我會出現(xiàn)這種問題了，請各位指點(diǎn)一下，謝謝。 [ Last edited by 不葉玨 on 2013-5-14 at 14:08 ] |
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不葉玨
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