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longwen36鐵桿木蟲 (正式寫手)
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[求助]
【求助】求思路：分子模擬殼聚糖吸附鉛離子 已有1人參與
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最近在做殼聚糖吸附鉛離子。想通過分子模擬出鉛離子是怎么與殼聚糖配位的。研究說與氨基配位或者與羥基配位，有爭(zhēng)議。想通過分子模擬出最可能的配位方式，模擬出配位數(shù)�？墒蔷镁脹]有思路。 各位大神有什么好的思路嗎？另外想通過實(shí)驗(yàn)方法測(cè)定配位數(shù)，有什么可行的辦法嗎？新手，憋了很久。求指點(diǎn)  |
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 計(jì)算 |
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quantumor
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Pb是主族元素，d軌道充滿了電子，所以應(yīng)存在4配位、6配位兩種可能（需仔細(xì)查一下文獻(xiàn)資料核實(shí)）；配位原子可能全是N、或全是O、或兩者兼有，還可能就是同一分子中相鄰的兩個(gè)O或N、O去配位；總之，配合物的結(jié)構(gòu)有非常多的可能性需要去做優(yōu)化試探。 你給的配合物不是螯合物，因?yàn)榕潴w全是單齒的，只有一個(gè)配體上有2個(gè)或2個(gè)以上的原子與中心離子配位時(shí)才是螯合物。還有，你的結(jié)構(gòu)優(yōu)化過了嗎？看上去怎么那么擁擠？ 最好草擬出多種可能的結(jié)構(gòu)分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，然后計(jì)算光譜去對(duì)比，基本思路就是如此，只是工作非常繁重，要有耐心。除Pb外，其它原子的計(jì)算基組可試探換為6-31++G**。你現(xiàn)在的機(jī)器計(jì)算沒問題，只是比較耗時(shí)。好運(yùn)！ |
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4樓2013-07-29 08:20:55
quantumor
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2樓2013-05-24 07:44:14
longwen36
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您好， 下面是糖分子的結(jié)構(gòu) 下面是Pb與六個(gè)糖分子螯合的構(gòu)想圖（這只是其一，可能還有其他） 問題： 1、通過模擬出最佳構(gòu)型，然后想算出理論的紅外光譜圖，再與實(shí)驗(yàn)對(duì)比，想知道Pb等離子與糖的螯合方式。 但是問題是，理論優(yōu)化的糖分子（圖1）（這個(gè)昨天剛算過）用B3LYP/LanL2DZ計(jì)算出來的理論紅外光譜與實(shí)驗(yàn)差的比較大？怎么辦？修正還是？ 2、構(gòu)想出不同的螯合方式，然后計(jì)算紅外光譜，再與實(shí)驗(yàn)相對(duì)比，這樣可不可行？對(duì)比紅外可靠嗎？能說明問題嗎？ 3、實(shí)驗(yàn)室服務(wù)器配置 core i7 3770 + 16GB內(nèi)存不知道算150多個(gè)原子能不能算的動(dòng)啊？ 不知道您有什么見解，請(qǐng)指教！ 謝謝！ |
3樓2013-07-28 23:46:28
longwen36
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您好，多謝您的指點(diǎn)。 1、我們實(shí)驗(yàn)做出來的紅外也好，XPS也好，感覺O原子沒有明顯影響，倒是N原子的譜有明顯的偏移，所以我們考慮是不是只有N原子參與配位。您覺得O原子還有必要加進(jìn)去做配位嗎？ 另外文獻(xiàn)上說可能是二配位和四配位或者其他，我現(xiàn)在弄的是六配位，因?yàn)榉抡沼形墨I(xiàn)的做法，先構(gòu)造六配位的結(jié)構(gòu)，然后再做優(yōu)化，最后看看是不是有原子脫離（距離太大），然后配位數(shù)變成了多少，您覺得可行嗎？還有就是鍵多長(zhǎng)算是有成配位鍵呢？初始配位鍵長(zhǎng)設(shè)定有什么要求嗎？ 2、殼聚糖本是高分子，其結(jié)構(gòu)與其交聯(lián)程度有關(guān)，非常復(fù)雜�，F(xiàn)在取出一個(gè)單體（應(yīng)該算不上是單體，只是重復(fù)單元）進(jìn)行研究，是否可行，光譜數(shù)據(jù)會(huì)有多大差異嗎？ 3、理論計(jì)算的光譜是基態(tài)的，會(huì)與實(shí)驗(yàn)差異多大呢？如果有差別，多大是合理的呢？有沒有什么更好的理論，算出來的光譜會(huì)接近些？ 4、您的意思是Pb離子用LanL2DZ，然后其他的糖分子中的原子（N、O、H）用6-31++G**，還是在絡(luò)合別的金屬離子時(shí)比如Cd2+，Hg2+等換成6-31++G**？我在優(yōu)化殼聚糖單體時(shí)用的B3LYP/LanL2DZ算出來的光譜感覺差的還比較大，但是文獻(xiàn)有說通過校正，不知道是選的基組有問題，還是要校正？ 5、另外還有一些問題在這個(gè)帖子里，還懇請(qǐng)您看看http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=6176637 小弟主做實(shí)驗(yàn)，剛接觸這方面的東西，還請(qǐng)多多指教，多謝！ |
5樓2013-07-29 14:52:37
quantumor
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1、如果認(rèn)定沒有O原子的事，應(yīng)當(dāng)可以只考慮N原子；理論上預(yù)測(cè)的東西有時(shí)與實(shí)驗(yàn)有出入很正常，6配位如果算得下去，不妨一試，但個(gè)人認(rèn)為似乎4配位靠譜點(diǎn)（個(gè)人的瞎想）；初始鍵長(zhǎng)設(shè)定查下手冊(cè)吧。XPS主要用于測(cè)分子中電子的能級(jí)的吧，這里有什么作用呢?不懂。 2、這個(gè)不好說，算得好結(jié)果與十分接近，尤其是小分子的IR譜誤差可小于5個(gè)波數(shù)。 3、查閱文獻(xiàn)吧。很辛苦，確實(shí)沒捷徑。 4、Pb用LanL2DZ，其它原子用6-31++G**。 |
6樓2013-07-29 16:20:46
longwen36
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1、嗯，好像是的。我丟進(jìn)去6配位的計(jì)算（還在優(yōu)化中），有兩個(gè)N原子的距離與Pb離子的距離隔得越來越大，看來是有脫離的趨勢(shì)。  XPS可以測(cè)定元素的化學(xué)狀態(tài)（看結(jié)合能的變化），我們用XPS有測(cè)過Pb2+絡(luò)合前后N原子2s電子的結(jié)合能，有變化的。 有什么好的查鍵長(zhǎng)的手冊(cè)推薦嗎？一般多長(zhǎng)的鍵長(zhǎng)范圍內(nèi)認(rèn)為有成配位鍵呢？ 4、您好，為什么Pb用LanL2DZ，其它原子用6-31++G**？按這樣說，我原始的小分子（未與Pb2+配位）應(yīng)該用6-31++G**優(yōu)化會(huì)好些？ 謝謝！ |
7樓2013-07-29 17:26:15
longwen36
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8樓2013-07-29 18:45:27
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