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longwen36鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[求助]
【求助】求思路：分子模擬殼聚糖吸附鉛離子 已有1人參與
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最近在做殼聚糖吸附鉛離子。想通過(guò)分子模擬出鉛離子是怎么與殼聚糖配位的。研究說(shuō)與氨基配位或者與羥基配位，有爭(zhēng)議。想通過(guò)分子模擬出最可能的配位方式，模擬出配位數(shù)。可是久久沒(méi)有思路。 各位大神有什么好的思路嗎？另外想通過(guò)實(shí)驗(yàn)方法測(cè)定配位數(shù)，有什么可行的辦法嗎？新手，憋了很久。求指點(diǎn)  |
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quantumor
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9樓2013-07-30 08:26:53
quantumor
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2樓2013-05-24 07:44:14
longwen36
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送紅花一朵 |
您好， 下面是糖分子的結(jié)構(gòu) 下面是Pb與六個(gè)糖分子螯合的構(gòu)想圖（這只是其一，可能還有其他） 問(wèn)題： 1、通過(guò)模擬出最佳構(gòu)型，然后想算出理論的紅外光譜圖，再與實(shí)驗(yàn)對(duì)比，想知道Pb等離子與糖的螯合方式。 但是問(wèn)題是，理論優(yōu)化的糖分子（圖1）（這個(gè)昨天剛算過(guò)）用B3LYP/LanL2DZ計(jì)算出來(lái)的理論紅外光譜與實(shí)驗(yàn)差的比較大？怎么辦？修正還是？ 2、構(gòu)想出不同的螯合方式，然后計(jì)算紅外光譜，再與實(shí)驗(yàn)相對(duì)比，這樣可不可行？對(duì)比紅外可靠嗎？能說(shuō)明問(wèn)題嗎？ 3、實(shí)驗(yàn)室服務(wù)器配置 core i7 3770 + 16GB內(nèi)存不知道算150多個(gè)原子能不能算的動(dòng)�。� 不知道您有什么見(jiàn)解，請(qǐng)指教！ 謝謝！ |
3樓2013-07-28 23:46:28
quantumor
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Pb是主族元素，d軌道充滿了電子，所以應(yīng)存在4配位、6配位兩種可能（需仔細(xì)查一下文獻(xiàn)資料核實(shí)）；配位原子可能全是N、或全是O、或兩者兼有，還可能就是同一分子中相鄰的兩個(gè)O或N、O去配位；總之，配合物的結(jié)構(gòu)有非常多的可能性需要去做優(yōu)化試探。 你給的配合物不是螯合物，因?yàn)榕潴w全是單齒的，只有一個(gè)配體上有2個(gè)或2個(gè)以上的原子與中心離子配位時(shí)才是螯合物。還有，你的結(jié)構(gòu)優(yōu)化過(guò)了嗎？看上去怎么那么擁擠？ 最好草擬出多種可能的結(jié)構(gòu)分別進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化，然后計(jì)算光譜去對(duì)比，基本思路就是如此，只是工作非常繁重，要有耐心。除Pb外，其它原子的計(jì)算基組可試探換為6-31++G**。你現(xiàn)在的機(jī)器計(jì)算沒(méi)問(wèn)題，只是比較耗時(shí)。好運(yùn)！ |
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4樓2013-07-29 08:20:55
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