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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 關于TarFisDock 的問題
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simon_yuan金蟲 (正式寫手)
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[求助]
關于TarFisDock 的問題
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| 請教各位前輩， TarFisDock 要求輸入文件是 mol2 格式。我用ChemDraw繪制結構以后，試著用DS 和 Open Babel 等另存成 mol2 格式，可是上傳后都顯示無效，是不是需要對轉換后的mol2 文件做一些處理？如何處理呢？望指點，多謝各位前輩！ |
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2樓2013-05-30 17:21:16
simon_yuan
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3樓2013-05-31 07:22:08
simon_yuan
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本人的3D.mol2文件如下，哪里不妥請前輩指教： @<TRIPOS>MOLECULE ***** 83 87 0 0 0 SMALL GASTEIGER **** CORINA 3.48 0000 08.02.2010 @<TRIPOS>ATOM 1 C -3.5737 0.4912 0.1963 C.3 1 LIG1 -0.0279 2 C -5.0577 0.5479 -0.1135 C.3 1 LIG1 -0.0056 3 C -5.3603 1.9257 -0.7523 C.3 1 LIG1 -0.0572 4 C -5.9341 0.4276 1.1301 C.3 1 LIG1 -0.0572 5 C -5.4593 -0.5042 -1.1479 C.3 1 LIG1 0.0606 6 H -6.5540 -0.5453 -1.1981 H 1 LIG1 0.0599 7 O -4.9683 -0.1058 -2.4340 O.3 1 LIG1 -0.3912 8 C -4.9246 -1.8886 -0.8080 C.3 1 LIG1 -0.0258 9 C -3.4025 -1.8489 -0.6626 C.3 1 LIG1 -0.0447 10 C -3.0296 -0.9013 0.4743 C.3 1 LIG1 -0.0255 11 C -3.5549 -1.4718 1.7979 C.3 1 LIG1 -0.0590 12 C -1.4983 -0.8161 0.6195 C.3 1 LIG1 -0.0320 13 C -1.0426 0.6006 0.3081 C.3 1 LIG1 -0.0318 14 C -1.6208 1.5759 1.3204 C.3 1 LIG1 -0.0491 15 C -3.1577 1.4678 1.2913 C.3 1 LIG1 -0.0489 16 C 0.4715 0.7203 0.1155 C.3 1 LIG1 -0.0233 17 C 0.6238 0.8248 -1.4225 C.3 1 LIG1 -0.0588 18 C 1.2154 -0.5006 0.6170 C.3 1 LIG1 -0.0225 19 C 0.9878 -0.6535 2.1439 C.3 1 LIG1 -0.0588 20 C 0.7255 -1.7751 -0.0653 C.3 1 LIG1 -0.0466 21 C -0.7854 -1.8099 -0.2779 C.3 1 LIG1 -0.0489 22 C 2.7219 -0.3870 0.4804 C.3 1 LIG1 -0.0189 23 C 3.2915 1.0143 0.3803 C.3 1 LIG1 0.0710 24 C 3.5063 1.5042 -1.0246 C.2 1 LIG1 0.3112 25 O 3.3602 0.7493 -1.9566 O.2 1 LIG1 -0.2504 26 O 3.8605 2.7803 -1.2436 O.3 1 LIG1 -0.4802 27 C 2.4437 1.9935 1.1685 C.3 1 LIG1 -0.0365 28 C 0.9812 2.0043 0.7501 C.3 1 LIG1 -0.0458 29 C 4.7011 0.8849 1.0051 C.3 1 LIG1 -0.0365 30 C 5.5382 -0.0559 0.1491 C.3 1 LIG1 -0.0468 31 C 4.8989 -1.3927 -0.1814 C.3 1 LIG1 -0.0345 32 C 5.6084 -1.9764 -1.4197 C.3 1 LIG1 -0.0598 33 C 5.1207 -2.3693 0.9826 C.3 1 LIG1 -0.0598 34 C 3.4010 -1.3217 -0.4944 C.3 1 LIG1 -0.0435 35 H -3.0812 0.8435 -0.7444 H 1 LIG1 0.0312 36 H -6.4230 1.9926 -0.9852 H 1 LIG1 0.0236 37 H -5.0910 2.7174 -0.0532 H 1 LIG1 0.0236 38 H -4.7799 2.0368 -1.6682 H 1 LIG1 0.0236 39 H -5.9752 -0.6147 1.4463 H 1 LIG1 0.0236 40 H -5.5126 1.0341 1.9317 H 1 LIG1 0.0236 41 H -6.9406 0.7776 0.9005 H 1 LIG1 0.0236 42 H -5.2273 -0.6968 -3.1543 H 1 LIG1 0.2098 43 H -5.1767 -2.5770 -1.6263 H 1 LIG1 0.0290 44 H -5.3894 -2.2664 0.0985 H 1 LIG1 0.0290 45 H -2.9587 -1.5016 -1.5951 H 1 LIG1 0.0271 46 H -3.0397 -2.8531 -0.4396 H 1 LIG1 0.0271 47 H -3.3132 -0.7864 2.6103 H 1 LIG1 0.0235 48 H -4.6361 -1.5956 1.7365 H 1 LIG1 0.0235 49 H -3.0886 -2.4386 1.9874 H 1 LIG1 0.0235 50 H -1.3137 -1.0608 1.6723 H 1 LIG1 0.0309 51 H -1.4646 0.8698 -0.6874 H 1 LIG1 0.0309 52 H -1.3442 2.5981 1.0627 H 1 LIG1 0.0268 53 H -1.2730 1.3386 2.3238 H 1 LIG1 0.0268 54 H -3.5563 2.4629 1.0846 H 1 LIG1 0.0268 55 H -3.5045 1.1426 2.2668 H 1 LIG1 0.0268 56 H 1.5722 1.3059 -1.6619 H 1 LIG1 0.0235 57 H 0.6028 -0.1740 -1.8585 H 1 LIG1 0.0235 58 H -0.1964 1.4162 -1.8295 H 1 LIG1 0.0235 59 H -0.0751 -0.5555 2.3644 H 1 LIG1 0.0235 60 H 1.3369 -1.6343 2.4668 H 1 LIG1 0.0235 61 H 1.5417 0.1217 2.6732 H 1 LIG1 0.0235 62 H 1.2213 -1.8880 -1.0344 H 1 LIG1 0.0271 63 H 1.0114 -2.6363 0.5535 H 1 LIG1 0.0271 64 H -1.0043 -1.5885 -1.3271 H 1 LIG1 0.0268 65 H -1.1458 -2.8232 -0.0657 H 1 LIG1 0.0268 66 H 3.0851 -0.7404 1.5014 H 1 LIG1 0.0317 67 H 3.9872 3.0489 -2.1638 H 1 LIG1 0.2951 68 H 2.8533 3.0072 1.0353 H 1 LIG1 0.0276 69 H 2.5149 1.7648 2.2389 H 1 LIG1 0.0276 70 H 0.8180 2.8364 0.0505 H 1 LIG1 0.0271 71 H 0.3834 2.2298 1.6468 H 1 LIG1 0.0271 72 H 5.1578 1.8738 1.0295 H 1 LIG1 0.0276 73 H 4.6029 0.4976 2.0154 H 1 LIG1 0.0276 74 H 5.8523 0.4453 -0.7719 H 1 LIG1 0.0271 75 H 6.4769 -0.2602 0.7027 H 1 LIG1 0.0271 76 H 6.6675 -2.1127 -1.2011 H 1 LIG1 0.0235 77 H 5.1631 -2.9384 -1.6739 H 1 LIG1 0.0235 78 H 5.4961 -1.2909 -2.2597 H 1 LIG1 0.0235 79 H 4.6681 -1.9645 1.8878 H 1 LIG1 0.0235 80 H 4.6615 -3.3287 0.7445 H 1 LIG1 0.0235 81 H 6.1901 -2.5079 1.1418 H 1 LIG1 0.0235 82 H 3.2491 -1.0246 -1.5274 H 1 LIG1 0.0274 83 H 2.9896 -2.3365 -0.3766 H 1 LIG1 0.0274 @<TRIPOS>BOND 1 1 10 1 2 1 15 1 3 1 2 1 4 1 35 1 5 2 3 1 6 2 4 1 7 2 5 1 8 3 36 1 9 3 37 1 10 3 38 1 11 4 39 1 12 4 40 1 13 4 41 1 14 5 6 1 15 5 7 1 16 5 8 1 17 7 42 1 18 8 9 1 19 8 43 1 20 8 44 1 21 9 10 1 22 9 45 1 23 9 46 1 24 10 11 1 25 10 12 1 26 11 47 1 27 11 48 1 28 11 49 1 29 12 21 1 30 12 13 1 31 12 50 1 32 13 14 1 33 13 16 1 34 13 51 1 35 14 15 1 36 14 52 1 37 14 53 1 38 15 54 1 39 15 55 1 40 16 28 1 41 16 17 1 42 16 18 1 43 17 56 1 44 17 57 1 45 17 58 1 46 18 19 1 47 18 20 1 48 18 22 1 49 19 59 1 50 19 60 1 51 19 61 1 52 20 21 1 53 20 62 1 54 20 63 1 55 21 64 1 56 21 65 1 57 22 34 1 58 22 23 1 59 22 66 1 60 23 24 1 61 23 27 1 62 23 29 1 63 24 25 2 64 24 26 1 65 26 67 1 66 27 28 1 67 27 68 1 68 27 69 1 69 28 70 1 70 28 71 1 71 29 30 1 72 29 72 1 73 29 73 1 74 30 31 1 75 30 74 1 76 30 75 1 77 31 32 1 78 31 33 1 79 31 34 1 80 32 76 1 81 32 77 1 82 32 78 1 83 33 79 1 84 33 80 1 85 33 81 1 86 34 82 1 87 34 83 1 |
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