 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1362 | 回復(fù): 2 | ||||
gss0840401新蟲 (初入文壇)
|
[求助]
誰遇到過Gromacs斷電后繼續(xù)跑 但分析RMSD時RMSD不連續(xù)的問題啊 求大神解答
|
|
Gromacs斷電后我用tpbconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.trr -e md_0_1.edr -time 19890 -o newmd_0_1.tpr mpirun -np 8 mdrun -deffnm newmd_0_1&接著跑 但分析RMSD時 前后的RMSD不是連續(xù)的 這是怎么回事呢 求大神解答啊啊啊 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 MDs-Gromacs |
» 猜你喜歡
一志愿南航 335分 | 0856 | GPA 4.07 | 有科研經(jīng)歷
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求化學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600，材料與化工321分求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
0703 化學(xué) 求調(diào)劑，一志愿山東大學(xué) 342 分
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
一志愿南開大學(xué)0710生物學(xué)359求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
085600，專業(yè)課化工原理，320分求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料與化工272求調(diào)劑
已經(jīng)有16人回復(fù)
-
290求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
327求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價值貼推薦，對您同樣有幫助:
- 關(guān)于使用gromacs計算蛋白質(zhì)中每個氨基酸的RMSD值隨時間的變化
已經(jīng)有5人回復(fù)
- gromacs運(yùn)行問題
已經(jīng)有9人回復(fù)
- 新手求助有關(guān)RMSD,RMSF等計算
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 【轉(zhuǎn)帖】GROMACS分析程序討論，在gromacs中添加Amber力場
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【求助】關(guān)于RMSD的計算
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 【求助】重金求助：gromacs中g(shù)_rms命令中怎樣應(yīng)用index.ndx文件
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 【討論】大家看看我的RMSD圖，給些指點(diǎn)，謝謝了
已經(jīng)有6人回復(fù)
wangyan10
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 36 (小學(xué)生)
- 金幣: 8272.5
- 散金: 58
- 紅花: 4
- 帖子: 368
- 在線: 254.3小時
- 蟲號: 1089510
- 注冊: 2010-09-04
- 性別: GG
- 專業(yè): 理論和計算化學(xué)
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2013-05-31 08:13:45
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵交流 2013-05-31 08:13:45
| 不太清楚在GROMACS中是否有命令可以把斷開的軌跡文件合并成一條軌跡，至少我在用AMBER做模擬的時候，這種情況我是遇到過的。我把斷開的軌跡用AMBER中的命令合并成一條軌跡，之后的分析就沒有問題了。另外，你斷電之后進(jìn)行的續(xù)算，輸入配置文件用的是一致的么？或者說，有在每一次模擬開始時候，隨機(jī)設(shè)定速度的選項(xiàng)。這個我覺得也會對斷電之后的續(xù)算產(chǎn)生影響吧！個人見解，說的不對見諒！ |
2樓2013-05-30 21:53:33
gss0840401
新蟲 (初入文壇)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 432.5
- 帖子: 12
- 在線: 11.2小時
- 蟲號: 1840509
- 注冊: 2012-05-30
- 專業(yè): 生物物理化學(xué)
3樓2013-06-02 08:26:12
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 gss0840401 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑 +5 | 家佳佳佳佳佳 2026-03-29 | 5/250 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +3 | dfffsar 2026-03-29 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿河北工業(yè)大學(xué)0817化工278分求調(diào)劑 +10 | jhybd 2026-03-23 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 085601材料工程找調(diào)劑 +14 | oatmealR 2026-03-29 | 15/750 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)工程085602 305分求調(diào)劑 +22 | RichLi_ 2026-03-25 | 22/1100 |
|
|
|
[考研] 086000生物與醫(yī)藥調(diào)劑 +5 | Feisty。 2026-03-28 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 081200-11408-276學(xué)碩求調(diào)劑 +6 | 崔wj 2026-03-26 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 學(xué)碩274求調(diào)劑 +9 | Li李魚 2026-03-26 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +7 | 爭取九點(diǎn)睡 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 311（085601）求調(diào)劑 +4 | liziyeyeye 2026-03-28 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料與化工（0856）304求B區(qū)調(diào)劑 +8 | 邱gl 2026-03-27 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 308求調(diào)劑 +7 | 墨墨漠 2026-03-25 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 +3 | 劉柯@ 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)一志愿南京師范大學(xué)303求調(diào)劑 +3 | zzffylgg 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料專碩 335 分求調(diào)劑 +4 | 拒絕冷暴力 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 302求調(diào)劑 +4 | 錦衣衛(wèi)藤椒 2026-03-25 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿吉林大學(xué)材料與化工303分求調(diào)劑 +4 | 為學(xué)666 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 277分求調(diào)劑，跨調(diào)材料 +3 | 考研調(diào)劑lxh 2026-03-24 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 269求調(diào)劑 +4 | 我想讀研11 2026-03-23 | 4/200 |
|