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gss0840401新蟲(chóng) (初入文壇)
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[求助]
誰(shuí)遇到過(guò)Gromacs斷電后繼續(xù)跑 但分析RMSD時(shí)RMSD不連續(xù)的問(wèn)題啊 求大神解答
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Gromacs斷電后我用tpbconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.trr -e md_0_1.edr -time 19890 -o newmd_0_1.tpr mpirun -np 8 mdrun -deffnm newmd_0_1&接著跑 但分析RMSD時(shí) 前后的RMSD不是連續(xù)的 這是怎么回事呢 求大神解答啊啊啊 |
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 MDs-Gromacs |
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gss0840401
新蟲(chóng) (初入文壇)
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3樓2013-06-02 08:26:12
wangyan10
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-05-31 08:13:45
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jiaoyixiong: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-05-31 08:13:45
| 不太清楚在GROMACS中是否有命令可以把斷開(kāi)的軌跡文件合并成一條軌跡，至少我在用AMBER做模擬的時(shí)候，這種情況我是遇到過(guò)的。我把斷開(kāi)的軌跡用AMBER中的命令合并成一條軌跡，之后的分析就沒(méi)有問(wèn)題了。另外，你斷電之后進(jìn)行的續(xù)算，輸入配置文件用的是一致的么？或者說(shuō)，有在每一次模擬開(kāi)始時(shí)候，隨機(jī)設(shè)定速度的選項(xiàng)。這個(gè)我覺(jué)得也會(huì)對(duì)斷電之后的續(xù)算產(chǎn)生影響吧！個(gè)人見(jiàn)解，說(shuō)的不對(duì)見(jiàn)諒！ |
2樓2013-05-30 21:53:33
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