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ktnightman銀蟲 (初入文壇)
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[求助]
并行計算通信方式
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大家好，本人搭建了一個計算平臺，采用的是ubuntu系統(tǒng)和ssh通訊方式，nfs文件掛載，計算的case是lammps自帶的in.melt，沒有做任何修改，計算的命令是mpiexec --host node1，node2，node3 np 24 lmp_g++ < in.melt，請忽略我命令的字符細(xì)節(jié)，大概是這么個意思，但是問題是24個線程都在滿速度跑，可是我卻明顯能夠看到一臺主機跑的速度遠快于多臺主機跑的速度，并且體系改很大的時候也是如此，請求知道的人能不能告訴我答案？還得補充一點，幾臺電腦都是一般的路由器連接的，發(fā)現(xiàn)好像彼此的傳輸速度的極限是10M/s [ Last edited by ktnightman on 2013-6-4 at 12:09 ] |
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2樓2013-06-04 13:17:05
yaozhq
金蟲 (小有名氣)
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- 專業(yè): 生物大分子結(jié)構(gòu)與功能
【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
jiaoyixiong: 金幣+3, 贊！ 2013-06-05 16:05:32
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jiaoyixiong: 金幣+3, 贊！ 2013-06-05 16:05:32
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mpi的通信量需求非常之大 一般程序都需要10G以上網(wǎng)絡(luò)才能保證不被帶寬拖后腿 同樣的情況我也試過 在千兆網(wǎng)絡(luò)上 開mpi時網(wǎng)卡一直是70M/s Up+70M/s Down的通訊速度 完全把帶寬吃光了 這樣CPU只能是白白等待通訊的完成再算下一步 非常浪費時間 要想多臺機器跑的快 必須盡量保證 MPI進程間少通訊 網(wǎng)絡(luò)要快 infiniband幾乎是標(biāo)配 否則對于一般的任務(wù)沒有提升反而下降是必然的 |
3樓2013-06-05 15:48:25
4樓2013-07-08 05:01:29
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