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Multiwfn讀取NBO的.40文件是對應(yīng)MO嗎？
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如題，manual里說NBO的.40文件是NLMO，我聽說這種軌道的性質(zhì)和MO是相同的，請問這種說法是否正確？ 另外，我試著做了.40的電子密度格點文件，又對同一結(jié)構(gòu)(相同坐標(biāo))再次用高斯計算能量，得到MO軌道的fch文件，同樣做電子密度格點。兩個格點文件的質(zhì)量選擇相同，二者相減會得到差值，也就是說.40和MO電子密度格點不一樣。這是正常的嗎？ |
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.40是MO，.39才是NLMO（手冊寫錯了） NLMO和MO截然不同，前者可認(rèn)為是對后者酉變換產(chǎn)生的定域化軌道 .40和fch里的MO應(yīng)當(dāng)是一樣的，存在差值可能是微小的數(shù)值精度問題所致，或者什么其它地方?jīng)]有完全對應(yīng)上。最好直接通過在主功能0觀看等值面來比較二者。 |
2樓2013-06-13 18:10:14
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sobereva
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你可以去比較.40和fch當(dāng)中特定的分子軌道的密度，但是不要去比較它們計算的總密度。 用.40作為輸入后，選主功能6再選3，可以看到所有軌道都是占據(jù)的，也就是說，以.40為輸入時無法正確判斷軌道占據(jù)數(shù)，因此計算的總密度毫無意義。這是因為.40里面本身就沒有提供軌道占據(jù)信息。計算分子性質(zhì)的時候，不要用NBO plot文件，而應(yīng)當(dāng)直接用fch/wfn/wfx/molden作為輸入。 只有以.31(NLMO)作為輸入時，計算出的分子性質(zhì)才和實際一致，這是手冊中這句話的含義"Notice that among all types of the orbitals generated by NBO program, only using NLMO to calculate real space functions is meaningful!” |
6樓2013-06-14 14:11:24
7樓2013-06-16 15:29:56
8樓2013-06-16 17:18:12
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這些.xx文件之間也不能相互比較計算出來的總的密度或其它實空間函數(shù) 原理上說，PNAO/NAO/PNHO/NHO/PNBO/NBO/PNLMO/NLMO/MO這些不管用哪種類型軌道，實空間函數(shù)（如總密度）的計算結(jié)果都是完全一致的，所以實空間函數(shù)的計算只要用MO就行了（.fch/.molden/.wfx/.wfn作為輸入文件），基于其它的軌道來計算由于結(jié)果和基于MO的完全一致，所以沒必要用它們。 而之所以我提到不要用NBO程序給出的軌道來計算（NLMO除外），一方面是因為這些NBO plot文件里往往沒有正確記錄或者根本沒記錄軌道占據(jù)數(shù)；另一方面是由于以某些類型軌道為基時（如NBO），整體的密度矩陣不是對角矩陣，此時以Multiwfn目前基于MO計算密度的方式來計算NBO表達(dá)的密度結(jié)果會和實際有一定偏差。 |
9樓2013-06-16 18:57:29
sobereva
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以下是我開發(fā)Multiwfn時針對這個問題寫的筆記，涉及到一些細(xì)節(jié)，可以參考 “在計算密度等屬性時，按照現(xiàn)有方法，將NBO占據(jù)數(shù)乘上NBO軌道波函數(shù)平方，再加和，得到的并不是真正的總密度。因為以NBO為基時密度矩陣并不是對角的，因為獲得NBO時并不是直接對整體密度矩陣對角化，而是依次將各個塊密度矩陣對角化。為了得到正確的密度，必須輸出以NBO為基的密度矩陣，將每個矩陣元乘上對應(yīng)的兩個NBO在此處的波函數(shù)值，然后整體加和，也就是必須把非對角元考慮進(jìn)去。對于NAO也是如此。不過，按Multiwfn現(xiàn)有方法計算，對于NBO、NAO、NHO，密度積分倒是和期望的一致。因為它們都是相互正交的。使用NBO算的實空間函數(shù)和真實值偏差不大。 NLMO和普通方式獲得的定域化軌道一樣，以其為基時整體密度矩陣也是對角化的，因此可以直接將密度乘上波函數(shù)平方加和得到真實密度。正如NBCP文章里式子所述。 至于前頭帶P的就更不能這么算了，連正交都不滿足，因此積分值都不對�！� |
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klaus198710樓2013-06-16 19:01:50
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