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multiwfn里的哪些功能可以對(duì)NBO生成的.xx文件使用？
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請(qǐng)問一下multiwfn里的哪些功能可以對(duì)NBO生成的.xx文件使用？ 上次問電子密度的事，后來發(fā)現(xiàn)-3(選擇分子片段)功能使用后，0功能顯示的軌道會(huì)變得非常奇怪。因此不敢自己隨便做了，想先系統(tǒng)地了解下哪些功能適用，謝謝！ |
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sobereva
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【答案】應(yīng)助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
zhou2009: 金幣+5 2013-06-27 13:51:28
klaus1987: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 謝謝啦 2013-06-28 09:08:37
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klaus1987: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 謝謝啦 2013-06-28 09:08:37
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支持NBO plot文件的初衷只是為了觀看NBO產(chǎn)生的各種軌道，而不是基于它們做分析。計(jì)算實(shí)空間函數(shù)根本沒必要用NBO plot文件。 我不知道你打算用Multiwfn對(duì)NBO產(chǎn)生的軌道做哪些分析，如果計(jì)算實(shí)空間函數(shù)，除非是基于NLMO，否則只能一次考察一個(gè)軌道的貢獻(xiàn)（比如考察某個(gè)軌道的電子密度分布），而所有軌道加和值（如總密度）是沒意義的，是和實(shí)際有偏差的。 軌道成分分功能對(duì)于各種NBO產(chǎn)生的軌道都可以做。 |
2樓2013-06-27 12:55:38
3樓2013-06-28 09:08:08
sobereva
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4樓2013-06-28 15:23:19
5樓2013-06-29 16:57:31
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有一篇文獻(xiàn)里說NPA電荷可能因?yàn)檎晃捕鲥e(cuò)，原文如下 The NPA charges employ explicitly orthogonalized (natural) atomic orbitals, and thus solve the overlap population problem. Nevertheless, we have found the NPA analysis to yield still unphysically large charges, giving a too ionic picture of covalent bonds. Presumably, the extension of the basis functions over a much larger region of space than one atom, either due to the orthogonality tails on other atoms, or due to the diffuse character of the primitive basis functions, hampers a realistic charge analysis. The use of basis set dependent methods as a tool to analyze the atomic charges is therefore questionable. 來自Voronoi Deformation Density (VDD) Charges: Assessment of the Mulliken, Bader, Hirshfeld, Weinhold, and VDD Methods for Charge Analysis |
6樓2013-06-29 17:39:35
sobereva
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那篇文章我以前看過，他只是臆測(cè)而已，我并不完全贊同其觀點(diǎn)。NPA電荷高估離子性這是沒錯(cuò)的。 所謂的正交尾巴是針對(duì)單個(gè)NAO或NBO而言的，直接做軌道等值面圖，把isovalue調(diào)小了就能直接看到，你也可以選擇做平面圖或曲線圖來更精確地研究。 這篇文章http://hi.baidu.com/sobereva/item/7569d7abae9e6a258819d37e 最后一幅圖的左下角那張子圖，注意看會(huì)發(fā)現(xiàn)有一小部分C-H NBO的等值面出現(xiàn)在了鄰近的氧原子上，這就是所謂的正交尾巴。 如果目是為了看某個(gè)原子上所有NAO的正交尾巴的總分布，那么就在主功能26的功能6里把除了那個(gè)原子以外的其它原子上的NAO的占據(jù)數(shù)都設(shè)為0，然后做密度圖，就能看到由于NAO之間的正交性要求，導(dǎo)致此原子的密度分布有多少漏到了臨近原子上。但這只能定性地考察，而不要定量地討論。因?yàn)橹罢f過的原因，基于NAO、NBO之類在Multiwfn里無法得到精確的密度（但偏離不很大）。 |
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klaus19877樓2013-06-29 19:51:21
8樓2013-06-30 18:05:25
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