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liuqingrui5金蟲(chóng) (小有名氣)
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NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)里給出的蛋白分子量時(shí)整個(gè)蛋白分子量還是一個(gè)亞基分子量呢
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| NCBI數(shù)據(jù)庫(kù)里給出的蛋白分子量時(shí)整個(gè)蛋白分子量還是一個(gè)亞基分子量呢？ |
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2樓2013-07-18 09:03:19
3樓2013-07-18 13:00:12
gyesang
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kx444555: 金幣+2, 鼓勵(lì)交流 2013-07-21 08:01:04
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| 最好貼出鏈接，舉例說(shuō)明，如果是NP_這種參考序列，他給出的分子量就純粹是氨基酸序列計(jì)算出來(lái)的推測(cè)分子量，你知道，有時(shí)候蛋白分子存在各種修飾，實(shí)際分子量多大要靠具體實(shí)驗(yàn)來(lái)測(cè)定 |
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4樓2013-07-18 13:58:33
5樓2013-07-18 14:05:55
liuqingrui5
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gyesang
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【答案】應(yīng)助回帖
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kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-07-21 08:01:15
kx444555: 金幣+3, 鼓勵(lì)交流 2013-07-21 08:01:15
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你這個(gè)得去查原始文獻(xiàn)，我看了一下，這個(gè)純化蛋白的分子量是54kD，這也是單體的分子量，然后他們就拿這個(gè)去做實(shí)驗(yàn)降解多聚賴(lài)氨酸，說(shuō)明即使這個(gè)酶是個(gè)多亞基酶的話，也不存在其他的亞基，應(yīng)該是同聚體 然后有報(bào)道，從其他菌株分離出來(lái)的PLD酶是同二聚體 具體的該行使功能的全酶復(fù)合體是幾聚體，不得而知 附上該酶uniprot的鏈接：http://www.uniprot.org/uniprot/Q2WFD9[ Last edited by gyesang on 2013-7-19 at 12:55 ] |
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2013-07-19 12:55:40, 235.09 K
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
7樓2013-07-19 12:54:08
liuqingrui5
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送紅花一朵 |
文獻(xiàn)里是純化出來(lái)的酶跑SDS-PAGE，測(cè)得亞基分子量時(shí)54kD，但是并沒(méi)有測(cè)出全酶的分子量。我現(xiàn)在也純化出了這個(gè)酶，經(jīng)MADI-TOF/TOF MS鑒定與該文獻(xiàn)中酶匹配，SDS-PAGE測(cè)得亞基分子量約為54kD，我想通過(guò)測(cè)定全酶分子量判斷其是幾聚體，但是該酶是膜蛋白，水溶性不好，通過(guò)質(zhì)譜無(wú)法測(cè)定分子量，GPC誤差又很大。我現(xiàn)在是跑的該酶的SDS-PAGE還原與非還原電泳，條帶位置一樣，這樣能否說(shuō)明它是單體酶呢？ |
8樓2013-07-20 10:59:24
gyesang
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你可以通過(guò)交聯(lián)的方法來(lái)測(cè)定是幾聚體，給你個(gè)參考文獻(xiàn)： Cross-linking To cross-link free amino groups of Myc-tagged CUTA protein, the HeLa-CUTA cells were lysed in the lysis buffer (5 mM EDTA, 0.2% Triton-x-100, 58 mM Na2HPO4, 17 mM NaH2PO4, 68 mM NaCl). Then 100 ll of cell lysate was incubated with disuccinimidyl glutarate (DSG) (Pierce) of different concentration for 1 h on ice. The reaction was quenched with 10 mM Tris (pH 7.4) and the protein samples diluted in 5· loading buffer (Tris–HCl (pH 6.8), 0.25% bromophenol blue, 2% SDS, 10% glycerol, 0.1 M DTT) were run on a 12% SDS-polyacrylamide gel for Western blot analysis. 出處：http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17924204 |
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9樓2013-07-20 11:26:10
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10樓2013-07-25 14:54:21
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