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sobereva至尊木蟲 (著名寫手)
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[資源]
使用Multiwfn結(jié)合VMD分析和繪制分子表面靜電勢分布
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使用Multiwfn結(jié)合VMD分析和繪制分子表面靜電勢分布 1 前言 分子表面靜電勢圖經(jīng)常在文獻(xiàn)中出現(xiàn)，不同表面區(qū)域靜電勢大小通過不同顏色展現(xiàn)，使分子表面上靜電勢的分布一目了然。分子表面一般都用Bader定義的范德華表面，即電子密度為0.001 e/Bohr^3的等值面。只要提供所需的輸入數(shù)據(jù)，這種圖在許多程序中都可以作，例如Molekel。特別是在常用的Gaussview里作這種圖比較簡單快捷。本文介紹的通過Multiwfn的定量分子表面分析功能結(jié)合VMD和photoshop作分子表面靜電勢圖既不比使用Gaussview快，步驟也比它復(fù)雜，但是優(yōu)點(diǎn)十分顯著，就是可以在分子表面上顯示出靜電勢極值點(diǎn)位置，可以十分靈活地調(diào)節(jié)顯示效果，而且還可以通過相同的方法繪制出分子表面上靜電勢以外的實(shí)空間函數(shù)的分布，比如平均局部離子化能、局部電子親和能、Fukui函數(shù)等等。另外還可以順帶著獲得許多其它信息，比如原核與分子表面的距離，實(shí)空間函數(shù)在分子表面上分布的統(tǒng)計數(shù)據(jù)等等�？傊�，對于初學(xué)者、純粹圖省事者建議用Gaussview，本文是給那些想研究得更深入并且稍有動手能力的研究者讀的。只要了解每一步操作的意義，就會覺得其實(shí)根本不復(fù)雜，而且思想上獲得極大的解放。 本文所用Multiwfn版本為3.2(dev)（即3.2的開發(fā)版），可在http://multiwfn.codeplex.com上下載。VMD為1.9版，可在http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/上免費(fèi)下載。Photoshop為CS2版。本文將以一個簡單體系呋喃為例進(jìn)行說明，波函數(shù)文件在B3LYP/6-31G**下由Gaussian產(chǎn)生。雖然本文主要是介紹作圖方法，但也會順帶著說一下定量分子表面分析的一些功能。 2 在Multiwfn中計算、統(tǒng)計、導(dǎo)出數(shù)據(jù) 啟動Multiwfn后依次輸入 furan.wfn 12 //定量分子表面分析 0 //開始計算 默認(rèn)就是在電子密度為0.001的表面上計算靜電勢，并且格點(diǎn)間距為0.25Bohr。格點(diǎn)間距可以通過選項(xiàng)3來設(shè)定，格點(diǎn)間距越小，分子表面就會用越多的頂點(diǎn)來描述，定量統(tǒng)計值、極值點(diǎn)位置也會越精確，之后作出的分子表面填色圖的色彩過渡也越光滑，但是計算耗時將越長。如果你的目的僅僅是繪制分子表面靜電勢圖，可以忽略以下內(nèi)容而直接跳到本節(jié)最后一段。 計算完畢后會看到分子表面上靜電勢極大、極小點(diǎn)的坐標(biāo)和數(shù)值，并且輸出大量統(tǒng)計數(shù)據(jù)，比如分子表面上靜電勢的最大/最小值、平均值、方差、電荷平衡度、表面積等等，它們對于了解分子特征、建立QSPR/QSAR方程預(yù)測分子理化性質(zhì)和生物活性等問題都十分有用，見Multiwfn手冊3.15.1節(jié)以及IJQC,85,676、JPCA,110,1005等文章的介紹。 此時會看到后處理菜單。點(diǎn)擊0進(jìn)入圖形界面，并且將Ratio of atomic size設(shè)為4.0就可以清楚看到分子表面上靜電勢極大點(diǎn)（紅點(diǎn)）和極小點(diǎn)（藍(lán)點(diǎn)）的位置。如果點(diǎn)擊Minimal/Maximum label，就會顯示出極值點(diǎn)的編號，可以和命令行窗口顯示的極值點(diǎn)信息相對照，得知極值點(diǎn)上的具體數(shù)值。點(diǎn)擊右上角Return可以關(guān)閉圖形窗口。 此例中各個極值點(diǎn)靜電勢數(shù)值如下（由于格點(diǎn)精度有限，所以等價的極值點(diǎn)的數(shù)值不完全一致，這里取了平均） 極小點(diǎn)1（最小點(diǎn)）：-20.60 kcal/mol 體現(xiàn)氧的孤對電子對靜電勢的負(fù)貢獻(xiàn) 極小點(diǎn)2、3：-15.23kcal/mol 在兩個beta碳（鄰位碳）正上方，體現(xiàn)pi電子對靜電勢的負(fù)貢獻(xiàn) 極大點(diǎn)1、4（最大點(diǎn)）：18.41kcal/mol 體現(xiàn)alpha位的氫原子所帶的正電 極大點(diǎn)5、6：15.21kcal/mol 體現(xiàn)beta位的氫原子所帶的正電 極大點(diǎn)2、3：-9.63kcal/mol 雖然是極大點(diǎn)，但是靜電勢數(shù)值為負(fù)，所以化學(xué)意義不大，可無視之 我們可以查看一下不同靜電勢區(qū)間內(nèi)分子表面積，這對于了解分子表面靜電勢的定量分布很有益。做法是依次輸入 9 -25,22 //統(tǒng)計范圍。當(dāng)前體系分子表面靜電勢范圍為-20.60~18.41kcal/mol，這里將范圍稍微擴(kuò)大并取整數(shù)來定義范圍 15 //將-25~22kcal/mol均勻分為15個區(qū)間獲得表面積 3 //輸入的單位為kcal/mol 立刻屏幕上就輸出了不同靜電勢區(qū)間內(nèi)的表面積，我們將Center這一列和Area這一列的數(shù)據(jù)分別從屏幕上拷下來（不會拷的讀者見手冊5.4節(jié)），并粘貼到諸如origin等作圖工具里并作成條形圖，就可以得到諸如以下圖像 靜電勢的定量分布在這張圖上一目了然。此分子不同靜電勢區(qū)間內(nèi)的表面積分布還是相對比較均勻的。 如果選擇選項(xiàng)11，則程序會輸出每個原子附近的分子表面上的靜電勢統(tǒng)計數(shù)據(jù)，對于了解原子在此分子中的特征很有用。例如靜電勢平均值 Atom# All/Positive/Negative average 1 -10.08997 NaN -10.08997 2 -12.59141 NaN -12.59141 3 -12.64250 NaN -12.64250 4 -10.04843 NaN -10.04843 5 -13.54925 NaN -13.54925 6 6.87357 9.80155 -3.13475 7 4.84667 8.19922 -4.56994 8 4.84069 8.21673 -4.50535 9 6.88875 9.78376 -3.16678 氧原子（5號）附近的分子表面靜電勢平均值最負(fù)（-13.55kcal/mol），這也容易理解，畢竟其孤對電子對靜電勢有很大的負(fù)貢獻(xiàn)。由于其附近分子表面上沒有正值區(qū)域，所以正值區(qū)域的靜電勢平均值顯示的是NaN。呋喃中碳原子裸露在分子表面上的區(qū)域主要就是體現(xiàn)pi電子特征的區(qū)域，由于pi電子云使這部分區(qū)域靜電勢為負(fù)，所以碳原子附近靜電勢平均值也都為明顯負(fù)值，并且無正值區(qū)域。同時從靜電勢平均值上也體現(xiàn)出beta碳（2、3號）比alpha碳（1、4號）的pi電子云更富集因而靜電勢更負(fù)。這種討論分子表面上對應(yīng)不同原子區(qū)域的定量數(shù)據(jù)的方法和分子表面極值點(diǎn)分析往往會得到共通的結(jié)論，但此方法可以得到更多的信息，比如alpha碳上沒有出現(xiàn)極值點(diǎn)（因此對它沒有任何描述），而通過分析它對應(yīng)的分子表面上的局部區(qū)域的靜電勢平均值等數(shù)據(jù)就可以定量考察它的特征。這種分析方法是筆者獨(dú)創(chuàng)的，也僅有Multiwfn支持。另外，通過選項(xiàng)12還可以查看分子表面上對應(yīng)于指定分子片段區(qū)域的定量性質(zhì)。 選過選項(xiàng)9之后會問你是否輸出locsurf.pdb文件，通過此文件可以利用VMD查看不同原子對應(yīng)的分子表面區(qū)域。由于這不是本文的重點(diǎn)，所以輸入n不讓程序輸出。 利用選項(xiàng)10可以查看分子表面相對于指定坐標(biāo)點(diǎn)或指定原子核的最遠(yuǎn)和最近距離，這對于討論分子間相互作用導(dǎo)致分子表面的穿透距離很有用。此功能也可以用于計算分子半徑或直徑，見《談?wù)劮肿影霃降亩x和計算方法》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/3c9a79cac80a397588ad9e6e）的討論。 現(xiàn)在選擇2將分子表面極值點(diǎn)導(dǎo)出到當(dāng)前目錄下surfanalysis.pdb文件中，此文件中碳和氧原子分別對應(yīng)分子表面靜電勢極大點(diǎn)和極小點(diǎn)，pdb文件的B因子那一列的數(shù)據(jù)是靜電勢數(shù)值(kcal/mol)。然后再選擇6將所有分子表面頂點(diǎn)導(dǎo)出到當(dāng)前目錄下vtx.pdb文件中，B因子是每個頂點(diǎn)的靜電勢數(shù)值。另外，如果你還沒有當(dāng)前分子的幾何結(jié)構(gòu)文件，應(yīng)再選擇5然后輸入furan.pdb把當(dāng)前體系的坐標(biāo)導(dǎo)出到當(dāng)前目錄下furan.pdb中。 3 在VMD中作圖 由于Multiwfn所用的圖形庫的限制，Multiwfn自身無法直接產(chǎn)生不同顏色填充的分子表面圖，所以需要借助VMD來實(shí)現(xiàn)。下面的操作步驟對于當(dāng)前體系比較適合，對于其它體系，應(yīng)舉一反三，根據(jù)實(shí)際情況進(jìn)行略微調(diào)整。 啟動VMD，然后把furan.pdb、surfanalysis.pdb和vtx.pdb按順序依次拖動到VMD主窗口里(VMD Main)，它們的ID將分別是0、1、2。選擇Display-Depth Cueing將它關(guān)掉，否則圖像會有些朦朧。進(jìn)入Graphics-Colors，選Display-Background-White將背景改為白色，并且在此界面的Color-Scale標(biāo)簽頁里選擇BWR，使分子表面的色彩根據(jù)數(shù)值范圍由小到大以 藍(lán)-白-紅 的方式變化。選Display-Axes-Off不讓坐標(biāo)軸顯示出來。 注：如果希望每次啟動VMD時都自動做如上操作，可以在VMD目錄下vmd.rc文件末尾添加以下4行 display depthcue off color scale method BWR color Display Background white axes location Off 進(jìn)入Graphics-Representations，然后執(zhí)行以下3步來分別設(shè)定分子結(jié)構(gòu)、分子表面極值點(diǎn)、分子表面頂點(diǎn)的顯示方式。（如果只是想簡單地看一下表面靜電勢分布，只要做第3步即可） (1)在Selected Molecule一欄里選擇furan.pdb，Drawing Method選Licorice，Bond Radius減小到0.1。 (2)將Selected Molecule一欄切換到surfanalysis.pdb，在控制臺輸入mol modstyle 0 1 VDW 0.06 （0和1是顯示方式編號和體系的ID，此命令代表用大小為0.06的VDW球顯示。由于GUI中VDW球最小只能設(shè)到0.1，故這里用命令行來實(shí)現(xiàn)）。然后在Selected Atoms里輸入carbon并回車，然后將Coloring Method選為ColorID，并且在右邊新出現(xiàn)的框里選Orange2。此時分子表面極大點(diǎn)就通過橙色小圓球顯示出來了。點(diǎn)擊Create Rep按鈕創(chuàng)建新顯示方式，在Selected Atoms里輸入oxygen并回車，然后將ColorID右邊的框設(shè)為Cyan，此時分子表面極小點(diǎn)就通過青色圓球顯示出來了。 (3)在Selected Molecule一欄里選擇vtx.pdb，Drawing Method選Points，Size設(shè)為25（設(shè)多大合決于視角的遠(yuǎn)近，在當(dāng)前視角下應(yīng)當(dāng)讓size恰好足夠大，使分子表面上的頂點(diǎn)緊密相連，不留明顯空隙），Coloring Method選Beta（根據(jù)pdb文件里B因子那一列的數(shù)據(jù)，此例即靜電勢數(shù)值進(jìn)行填色），在Trajectory標(biāo)簽頁里將Color Scale Data Range填上-22和22并點(diǎn)擊Set，代表色彩刻度設(shè)為-22~20kcal/mol（其實(shí)此例用默認(rèn)的色彩刻度范圍就可以，這里只是為了取個整）�，F(xiàn)在分子表面填色圖就出現(xiàn)了。越藍(lán)的區(qū)域靜電勢越負(fù)，越紅的區(qū)域越正，白色區(qū)域的靜電勢數(shù)值在0附近。 之后給圖上加上色彩刻度軸。選Extensions-Visualization-Color Scale Bar，Color bar width設(shè)為0.08，Display title選on并且將Color bar title里寫上ESP (kcal/mol)，Minimum和Maximum scale value分別填-22和22，Number of axis labels輸入10，Color labels選Black，Label format選Decimal。然后點(diǎn)Draw Color Scale Bar按鈕，色彩刻度就出現(xiàn)在畫面中了，并且VMD Main窗口中多出了一個名為Color Scale Bar的一項(xiàng)。然后調(diào)整它的大小和位置，即雙擊VMD Main窗口中Color Scale Bar那一項(xiàng)當(dāng)中的F標(biāo)簽使之變?yōu)榧t色（即不讓色彩刻度軸在畫面中的位置凍結(jié)），而雙擊其它項(xiàng)目的F標(biāo)簽使它們的F變?yōu)楹谏ㄗ屗鼈兊奈恢脙鼋Y(jié)�。�。然后激活VMD圖形窗口，按t鍵進(jìn)入平移模式，然后拖動鼠標(biāo)將色彩刻度軸放置到合適位置，并且用鼠標(biāo)滾輪調(diào)整它的大小。調(diào)合適之后再按r鍵恢復(fù)旋轉(zhuǎn)視角模式，并且在VMD Main里將Color Scale Bar那一項(xiàng)的F重新雙擊成黑色，而其它三項(xiàng)的F重新雙擊為紅色。 當(dāng)前的顯示效果如下 此圖還有許多地方值得進(jìn)一步調(diào)整，也就是讓分子結(jié)構(gòu)顯示出來（現(xiàn)在都被表面頂點(diǎn)掩蓋了）、給分子表面極值點(diǎn)標(biāo)上具體數(shù)值、讓表面極值點(diǎn)更清楚地顯示，特別是藏在分子表面后方的極值點(diǎn)也顯示出來。為達(dá)到這些目的，需要利用photoshop。由于步驟比較細(xì)碎，筆者不把所有具體操作都敘述一遍，否則太羅嗦。只要會基本的photoshop操作的人都應(yīng)該能理解應(yīng)該怎么實(shí)現(xiàn)。 4 通過Photoshop改進(jìn)作圖效果 將分子調(diào)整到一個合適的角度，然后在VMD main窗口里把所有條目的F標(biāo)簽都雙擊成黑色來將它們固定住，以免隨后的操作過程中不慎旋轉(zhuǎn)了體系。 在VMD main窗口里面雙擊與furan.pdb和surfanalysis.pdb對應(yīng)的條目的D標(biāo)簽使其變紅，此時窗口內(nèi)就只有分子表面和色彩刻度軸顯示了出來。然后按Alt+Printscreen鍵將窗口截圖，在photoshop里按Ctrl+N然后按OK，再用Ctrl+V把截的圖粘貼進(jìn)去。此時圖像大小正好和VMD窗口大小完全一致。 在VMD main窗口里面只讓分子結(jié)構(gòu)顯示出來，將背景改為藍(lán)色（只要不是白色就行，否則會和氫原子的白色連在一起），然后將窗口截圖并且粘貼進(jìn)之前的ps窗口里成為新的圖層。選擇魔棒工具，Tolerance設(shè)0，Contiguous的對勾取消，然后點(diǎn)擊圖中藍(lán)色區(qū)域把背景區(qū)域選上，之后按delete鍵去除背景。之后將圖層的不透明度(Opacity)改為40%，這樣分子結(jié)構(gòu)就會以半透明方式疊加到分子表面圖上了，而且疊加的位置完全精確。ps窗口里的圖像目前如下所示 讓VMD窗口里只顯示出表面極值點(diǎn)，然后將窗口截圖也粘貼進(jìn)ps里成為新圖層，同樣將藍(lán)色的背景選中并刪掉。然后用矩形選框工具恰當(dāng)?shù)匕褕D像主體和色彩刻度軸圈上，構(gòu)圖滿意后點(diǎn)Ctrl+Q將多余的區(qū)域裁掉，目前圖像如下 可見目前這些表面極值點(diǎn)無論是正面還是背面的都是以完全不透明方式展現(xiàn)，看不出前后。因此我們把那些明顯處在背面的極值點(diǎn)都用矩形選框圈上，注意圈的時候一直按著shift鍵使選區(qū)依次累加。然后在圖上點(diǎn)右鍵選Layer via Cut，這樣處在圖中正面（或者邊緣）的極值點(diǎn)與處在圖中背面的極值點(diǎn)就分別用兩個圖層來儲存了。將后者的圖層的不透明度設(shè)為50%。 最后，在圖上用文本工具標(biāo)上一部分極值點(diǎn)的靜電勢數(shù)值，數(shù)值在Multiwfn當(dāng)中已經(jīng)輸出過了。如果極值點(diǎn)比較密，可以同時繪制箭頭避免混亂。如果箭頭或者文字疊加在分子表面上，為了讓其邊緣清楚好看，建議在圖層混合選項(xiàng)中設(shè)定外發(fā)光。最終圖像如下所示 在J. Phys. Org. Chem. 2013, 26, 473-483一文中，馬兜鈴酸的分子表面靜電勢圖也是通過類似方法繪制的，比此文的例子更復(fù)雜，在這里一起貼出 這是馬兜鈴酸的靜電勢定量分布圖，顯然沒有呋喃分布得均勻。正值區(qū)域、靜電勢接近0的區(qū)域占大部分分子表面，但是也有不小面積靜電勢非常負(fù)，這主要是羧基和氨基的氧的明顯負(fù)電荷導(dǎo)致的。 5 總結(jié) 本文介紹的繪制分子表面靜電勢圖的步驟比較瑣碎，需要很多手動操作，但這也是好處，使得我們可以很精細(xì)、隨意地調(diào)節(jié)顯示方式，而不受制于可視化程序所支持的選項(xiàng)。本文介紹的只是一般過程，建議大家多摸索以使顯示效果更好。利用本文相同的步驟，可以繪制各種各樣的實(shí)空間函數(shù)在分子表面的分布。例如繪制平均局部離子化能的圖，只要在Multiwfn的定量分子表面分析功能當(dāng)中選選項(xiàng)2，然后再選2 Average local ionization energy，之后再選0啟動分子表面分析，隨后的步驟和前文都一樣。Fukui函數(shù)、雙描述符之類實(shí)空間函數(shù)并沒有出現(xiàn)在選項(xiàng)2給出的列表里，但是依然可以通過定量分子表面分析功能對它們在分子表面上的分布進(jìn)行分析，并且隨后結(jié)合VMD繪制成填色圖，只不過操作過程稍微特殊一些，見3.2(dev)版手冊4.12.4節(jié)。 如果對分子表面分析有更多興趣，可以參看《使用Multiwfn的定量分子表面分析功能預(yù)測反應(yīng)位點(diǎn)、分析分子間相互作用》（http://hi.baidu.com/sobereva/item/6601fff28c4fd9d643c36acc）。 6 其它：分析范德華表面穿透程度 將Multiwfn和VMD相結(jié)合，充分開動腦筋，還可以做很多有趣、有用的分析。例如，對水的二聚體中兩個水分別做定量分子表面分析，將得到的兩套表面頂點(diǎn)都放到VMD里同時顯示出來，就可以看到如下圖像 從圖中可以看到兩個水的范德華表面在形成二聚體后相互有明顯穿透，并且是靜電勢明顯為正（紅色）區(qū)域與靜電勢明顯為負(fù)（藍(lán)色）區(qū)域相互穿透，這表明水二聚體間的氫鍵作用本質(zhì)主要是由于靜電吸引所導(dǎo)致的。 我們將視圖放大，并且不讓左邊的水顯示出來（因?yàn)樗趽趿吮砻骓旤c(diǎn)），然后找出兩個位置比較能反映穿透程度的表面頂點(diǎn)，按2鍵，然后分別點(diǎn)擊這兩個點(diǎn)，這兩個表面頂點(diǎn)間的距離就出現(xiàn)在圖上了，如下圖所示，其距離是1.12埃。這表明形成二聚體后，范德華表面總共被穿透了2*1.12埃，這叫做mutual penetration距離，其值越大通常說明弱相互作用越強(qiáng)。 注：Mutual penetration距離其實(shí)有不同具體計算方法，最簡單粗糙的是直接拿兩個原子的范德華半徑和減去原子間距。而本文這種計算方法無疑是最準(zhǔn)確的，因?yàn)榫_反映了范德華表面的實(shí)際形狀. |
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[考研] 293求調(diào)劑 +12 | zjl的號 2026-03-16 | 17/850 |
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[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 來好運(yùn)來來來 2026-03-21 | 4/200 |
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[考研] 384求調(diào)劑 +3 | 子系博 2026-03-22 | 4/200 |
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[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +4 | lemonzzn 2026-03-17 | 8/400 |
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[考研] 初試 317 +7 | 半拉月丙 2026-03-20 | 7/350 |
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[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +5 | yzysaa 2026-03-21 | 5/250 |
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[考研] 0805 316求調(diào)劑 +3 | 大雪深藏 2026-03-18 | 3/150 |
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[考研] 279分求調(diào)劑 一志愿211 +14 | chaojifeixia 2026-03-19 | 15/750 |
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[考研] 一志愿天津大學(xué)化學(xué)工藝專業(yè)（081702）315分求調(diào)劑 +12 | yangfz 2026-03-17 | 12/600 |
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[考研] 265求調(diào)劑 +3 | Jack?k?y 2026-03-17 | 3/150 |
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[考研] 一志愿武漢理工材料工程專碩調(diào)劑 +9 | Doleres 2026-03-19 | 9/450 |
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[考研] 求調(diào)劑 +3 | @taotao 2026-03-20 | 3/150 |
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[論文投稿]
申請回稿延期一個月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時間沒變，給編輯又寫郵件了，沒回復(fù)
 10+3
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wangf9518 2026-03-17 | 4/200 |
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[考研]
 320求調(diào)劑0856
+3
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不想起名字112 2026-03-19 | 3/150 |
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[考研] 一志愿福大288有機(jī)化學(xué)，求調(diào)劑 +3 | 小木蟲200408204 2026-03-18 | 3/150 |
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