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基因序列
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如果一種植物沒(méi)有研究過(guò),任何沒(méi)有任何序列報(bào)道,是不是只能依靠模式植物同源測(cè)序? cexu [ Last edited by 尼爾墨客 on 2013-8-31 at 03:35 ] |
蛋白質(zhì)生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 核酸生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) | 細(xì)胞生物學(xué)實(shí)驗(yàn)經(jīng)驗(yàn) |
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木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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研究方法很多了,你可以從信號(hào)途徑中的蛋白質(zhì)入手,其中末端蛋白質(zhì)可以指向是不是該信號(hào)途徑是通過(guò)基因表達(dá)調(diào)控發(fā)揮作用的,實(shí)際研究時(shí)可以末端蛋白質(zhì)出發(fā)往前找;狙芯糠椒ㄊ荄NAProtein interaction,Protein-Protein interaction,基因或者蛋白質(zhì)的功能四個(gè)方面的研究方法。 一、確定一個(gè)未知基因的功能的實(shí)驗(yàn)方法有很多,比如:基因敲除,酵母雙雜交,定點(diǎn)突變,基因過(guò)表達(dá),噬菌體展示等。 另外如果已知該GENE(如果它編碼蛋白質(zhì)的話)的表達(dá)出的蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu)已經(jīng)獲得,比如用X-RAY衍射或NMR等測(cè)定,再利用TOP3D查詢(xún)本地PDB庫(kù),以及查詢(xún)DALI數(shù)據(jù)庫(kù),去找出較為相似的結(jié)構(gòu)或同源蛋白質(zhì)可推測(cè)未知蛋白質(zhì)的功能。如果找不到相似的結(jié)構(gòu)或同源蛋白質(zhì),而且所研究的GENE編碼的蛋白質(zhì)的一級(jí)結(jié)構(gòu)和三維結(jié)構(gòu),那么你就應(yīng)從其局部結(jié)構(gòu)入手,看其有關(guān)的domain,motif有哪些?然后去查閱有關(guān)的domain,motif的可能功能,再去比較一下有這些domain,motif的蛋白質(zhì)的功能有哪些?還可比較與你的新蛋白質(zhì)的空間結(jié)構(gòu)相似的以知蛋白質(zhì)(兩者一級(jí)結(jié)構(gòu)可有較大不同)的功能有哪些?可用免疫檢測(cè)。完全避開(kāi)從GENE EXPRESSION角度去確定一個(gè)未知PROTEIN的功能,這在目前不大可能,別的不說(shuō),即使從蛋白質(zhì)的一級(jí)序列用生物信息學(xué)和理論生物物理學(xué)方法推出二級(jí)結(jié)構(gòu)都不是很準(zhǔn)(無(wú)論具體用何種算法),從蛋白質(zhì)的三維結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)其功能,即使有同源蛋白質(zhì)也很不容易,而且只不過(guò)是猜測(cè),沒(méi)有實(shí)驗(yàn)證據(jù)證明都不可信!完全從生物信息學(xué)的手段獲得功能信息,可能根本無(wú)實(shí)際價(jià)值。當(dāng)然做些猜測(cè),可用上面的思路。最終要考第一段的實(shí)研方法。 基因的異位表達(dá)或者過(guò)表達(dá)也是有效的研究基因的功能的試驗(yàn)方法,比如2006年iPS cell的長(zhǎng)生就是使用了基因的異位表達(dá)或者過(guò)表達(dá)方法。 二、信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白的主要類(lèi)型及其發(fā)揮作用的方式包括: 1.代謝酶,影響細(xì)胞代謝;2.基因表達(dá)調(diào)控蛋白:激活或抑制基因表達(dá):3.細(xì)胞骨架蛋白:改變細(xì)胞形狀和運(yùn)動(dòng)。 ------參見(jiàn):翟中和、王喜忠、丁明孝 主編,細(xì)胞生物學(xué),高教出版社,2011年,第四版,第162頁(yè),圖9-7.原圖是說(shuō)明細(xì)胞表面受體介導(dǎo)的細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)的組成。 實(shí)際上還有如NO,CO氣體信號(hào)分子直接透過(guò)細(xì)胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號(hào)傳導(dǎo)途徑和甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子,透過(guò)細(xì)胞質(zhì)膜與核膜與細(xì)胞核內(nèi)受體結(jié)合而調(diào)控基因表達(dá)。 但是NO,CO氣體信號(hào)分子直接透過(guò)細(xì)胞膜與胞內(nèi)受體相互作用的信號(hào)傳導(dǎo)途徑的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白也是代謝酶,甾族分子、維生素D、維甲酸等親脂分子,透過(guò)細(xì)胞質(zhì)膜與核膜與細(xì)胞核內(nèi)受體結(jié)合而調(diào)控基因表達(dá)的信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白也是基因表達(dá)調(diào)控蛋白,所以“信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)末端靶蛋白的主要類(lèi)型及其發(fā)揮作用的方式包括:1.代謝酶,影響細(xì)胞代謝;2.基因表達(dá)調(diào)控蛋白:激活或抑制基因表達(dá):3.細(xì)胞骨架蛋白:改變細(xì)胞形狀和運(yùn)動(dòng)”,仍然成立! 信號(hào)通路遠(yuǎn)不止三種,細(xì)胞信號(hào)傳導(dǎo)系統(tǒng)的細(xì)胞表面的介導(dǎo)受體的就包括:離子通道偶聯(lián)受體、G蛋白偶聯(lián)受體和酶聯(lián)受體三種,至于轉(zhuǎn)錄因子屬于細(xì)胞信號(hào)通路的末端蛋白質(zhì)之一的基因表達(dá)調(diào)控蛋白,但是.基因表達(dá)調(diào)控蛋白不只限于轉(zhuǎn)錄因子。 |
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