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我要學(xué)perl么新蟲 (初入文壇)
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[求助]
【求助】如何得到某一物種的所有蛋白翻譯基因的不同位置（exon、intron）的GC含量
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如題： 如何得到某一物種的所有蛋白翻譯基因的不同位置（exon、intron）的GC含量，如下圖 是要從網(wǎng)上下染色體的全部序列信息然后再自己計算嗎？ 圖片1.png [ Last edited by 我要學(xué)perl么 on 2013-8-14 at 22:30 ] |
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I think so Go to website https://main.g2.bx.psu.edu/ click "get data" in the left panel, choose UCSC main Select pig in the genome Search for geecee to calculate gc content If you are not sure, read the tutorials, particularly this one https://main.g2.bx.psu.edu/u/aun1/p/galaxy101 |
4樓2013-08-15 17:33:44
wizardfan
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7樓2013-08-19 05:06:58
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你好！謝謝，Galaxy是非常好用的工具。 蛋白編碼基因的內(nèi)含子、外顯子和上下游的GC含量我會計算了。但是對于lncRNA仍有點問題。 現(xiàn)在我有l(wèi)ncRNA的gtf和gff兩種文件，對于如何計算GC含量我有2個想法，不知道哪個對 1. 第一種就是講gtf轉(zhuǎn)化為bed，然后使用Extract Features的Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具得到包含內(nèi)含子的bed文件，然后再轉(zhuǎn)化為gff, 以便用Feature Sequence得到fasta序列。 但是fasta文件為空，提示是“susScr3 290 warnings, 1st is: Unable to fetch the sequence from '9162341' to '543' for chrom '1'. Skipped 290 invalid lines, 1st is #4, "1 bed2gff CUFF.1911.1 9162341 9162884 0 - . CUFF.1911.1;"” 2.第二種就是將gtf過濾得到transcrip和exon的兩種文件，然后用Operate on Genomic Intervals里的Subtract工具可以得到內(nèi)含子的文件，Get flanks 工具可以得到上下游序列。然后就可以計算了。 感覺第二種方法是對的。 By the way，在用第一種方法的時候如果transcription和exon的起始終止位置一樣的話，Gene BED To Exon/Intron/Codon BED expander工具判斷內(nèi)含子的話會出現(xiàn)start 和end相反的情況（比如說正鏈的內(nèi)含子應(yīng)該為0的，可是出現(xiàn)start為1300 end 為300）。不知道這樣算不算錯誤？ 寫的有點亂，可能表達(dá)不清楚，見諒！ 謝謝你的回復(fù)！ |
8樓2013-08-20 01:07:22
wizardfan
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9樓2013-08-20 07:24:54
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10樓2013-08-20 09:52:50
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