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lhf903金蟲 (正式寫手)
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[求助]
系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建中的若干問題
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這兩天在忙系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建，有一些問題弄不清楚，特來請(qǐng)教。 我從文獻(xiàn)中的發(fā)育樹上找了一些菌株作為參照，覺得找的已經(jīng)足夠多了，但還是不能把我自己的序列都包括進(jìn)去。還有數(shù)字的大小代表什么，太小是不是親緣關(guān)系較遠(yuǎn)~ |
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lhf903
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4樓2013-09-06 11:10:28
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【答案】應(yīng)助回帖
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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹首先要將你的序列放到NCBI和數(shù)據(jù)庫(kù)中序列比對(duì)，去同源性高的（比如>95%，根據(jù)實(shí)際情況）建樹，不是從文獻(xiàn)中獲得序列 外圍典型種可以在專門網(wǎng)站搜到，并獲得他的基因組序列 樹枝上的數(shù)值是說明其兩個(gè)菌株在進(jìn)化關(guān)系上相近的一種運(yùn)用計(jì)算得到的值，一般>73的樹枝表示兩株菌同源可信 |
2樓2013-09-06 10:27:02
lhf903
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3樓2013-09-06 11:07:17
distant616
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5樓2013-09-06 13:17:50
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