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lhf903金蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)構(gòu)建中的若干問(wèn)題
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這兩天在忙系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)的構(gòu)建，有一些問(wèn)題弄不清楚，特來(lái)請(qǐng)教。 我從文獻(xiàn)中的發(fā)育樹(shù)上找了一些菌株作為參照，覺(jué)得找的已經(jīng)足夠多了，但還是不能把我自己的序列都包括進(jìn)去。還有數(shù)字的大小代表什么，太小是不是親緣關(guān)系較遠(yuǎn)~ |
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5樓2013-09-06 13:17:50
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9樓2013-09-07 13:53:58
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12樓2013-09-07 19:51:43
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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹(shù)首先要將你的序列放到NCBI和數(shù)據(jù)庫(kù)中序列比對(duì)，去同源性高的（比如>95%，根據(jù)實(shí)際情況）建樹(shù)，不是從文獻(xiàn)中獲得序列 外圍典型種可以在專(zhuān)門(mén)網(wǎng)站搜到，并獲得他的基因組序列 樹(shù)枝上的數(shù)值是說(shuō)明其兩個(gè)菌株在進(jìn)化關(guān)系上相近的一種運(yùn)用計(jì)算得到的值，一般>73的樹(shù)枝表示兩株菌同源可信 |
2樓2013-09-06 10:27:02
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3樓2013-09-06 11:07:17
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4樓2013-09-06 11:10:28
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6樓2013-09-06 15:08:20
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7樓2013-09-07 10:35:50
hkqgeoffrey
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【答案】應(yīng)助回帖
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http://www.bacterio.cict.fr/ 我用的是師兄告知的這個(gè)網(wǎng)站，其他的沒(méi)用過(guò)，你試試看吧 |
8樓2013-09-07 10:37:35
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建樹(shù)嘛 1.選擇外類(lèi)群，就是與你研究類(lèi)群比較近的類(lèi)群做外類(lèi)群。比如你要建某一個(gè)屬的系統(tǒng)樹(shù)，你可以選擇與該屬親緣關(guān)系比較近的類(lèi)群做外類(lèi)群；選與該屬關(guān)系最近的屬找內(nèi)類(lèi)群。怎么知道該屬的近緣類(lèi)群？谷歌學(xué)術(shù)搜索該類(lèi)群或該類(lèi)群的上一級(jí)類(lèi)群（沒(méi)有的話就一次往上一級(jí)類(lèi)群，比如你研究的是一個(gè)屬，你可以找該屬所在族，科等等），應(yīng)該會(huì)有相應(yīng)的做系統(tǒng)的文獻(xiàn)，你看看該文獻(xiàn)的系統(tǒng)樹(shù)圖就知道了。 2.選擇片段 就是分子標(biāo)記，比如rbcl，its, rps16 等等；怎么選擇？看哪個(gè)片段對(duì)你所研究類(lèi)群更有分辨率了，就是能解決你想要的問(wèn)題了；看別人研究都用什么片段（當(dāng)然是與你類(lèi)群相近的類(lèi)群），還有就是你想選某幾個(gè)片段，最好這幾個(gè)片段的其它類(lèi)群在NCBI上基本都有 3.序列比對(duì) 這個(gè)容易也不容易。建議用Bioedit,記得軟件比對(duì)之后要手動(dòng)比對(duì)哦�。。。。。”葘�(duì)原則？按你所學(xué)的分子生物學(xué)知識(shí)來(lái)。 4.建樹(shù) 很多軟件，PAUP—MP法，BAYES-bayes 推導(dǎo)法,GAIRL-ML法等都是主流，MEGA？好像如果要求不是很?chē)?yán)格的話用這個(gè)吧，簡(jiǎn)單。但是想嚴(yán)格的話，建議用前面幾個(gè)。 建樹(shù)要考慮的東西很多，建出來(lái)的樹(shù)也有很多要仔細(xì)想的，如果想得到好結(jié)果又有說(shuō)服力的話，建議找比較懂得人問(wèn)問(wèn)。 |
10樓2013-09-07 15:26:51
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