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lhf903金蟲 (正式寫手)
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系統(tǒng)發(fā)育樹構(gòu)建中的若干問題
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這兩天在忙系統(tǒng)發(fā)育樹的構(gòu)建，有一些問題弄不清楚，特來請教。 我從文獻中的發(fā)育樹上找了一些菌株作為參照，覺得找的已經(jīng)足夠多了，但還是不能把我自己的序列都包括進去。還有數(shù)字的大小代表什么，太小是不是親緣關(guān)系較遠~ |
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5樓2013-09-06 13:17:50
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9樓2013-09-07 13:53:58
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構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹首先要將你的序列放到NCBI和數(shù)據(jù)庫中序列比對，去同源性高的（比如>95%，根據(jù)實際情況）建樹，不是從文獻中獲得序列 外圍典型種可以在專門網(wǎng)站搜到，并獲得他的基因組序列 樹枝上的數(shù)值是說明其兩個菌株在進化關(guān)系上相近的一種運用計算得到的值，一般>73的樹枝表示兩株菌同源可信 |
2樓2013-09-06 10:27:02
lhf903
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3樓2013-09-06 11:07:17
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4樓2013-09-06 11:10:28
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6樓2013-09-06 15:08:20
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7樓2013-09-07 10:35:50
hkqgeoffrey
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http://www.bacterio.cict.fr/ 我用的是師兄告知的這個網(wǎng)站，其他的沒用過，你試試看吧 |
8樓2013-09-07 10:37:35
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建樹嘛 1.選擇外類群，就是與你研究類群比較近的類群做外類群。比如你要建某一個屬的系統(tǒng)樹，你可以選擇與該屬親緣關(guān)系比較近的類群做外類群；選與該屬關(guān)系最近的屬找內(nèi)類群。怎么知道該屬的近緣類群？谷歌學(xué)術(shù)搜索該類群或該類群的上一級類群（沒有的話就一次往上一級類群，比如你研究的是一個屬，你可以找該屬所在族，科等等），應(yīng)該會有相應(yīng)的做系統(tǒng)的文獻，你看看該文獻的系統(tǒng)樹圖就知道了。 2.選擇片段 就是分子標(biāo)記，比如rbcl，its, rps16 等等；怎么選擇？看哪個片段對你所研究類群更有分辨率了，就是能解決你想要的問題了；看別人研究都用什么片段（當(dāng)然是與你類群相近的類群），還有就是你想選某幾個片段，最好這幾個片段的其它類群在NCBI上基本都有 3.序列比對 這個容易也不容易。建議用Bioedit,記得軟件比對之后要手動比對哦�。。。。。”葘υ瓌t？按你所學(xué)的分子生物學(xué)知識來。 4.建樹 很多軟件，PAUP—MP法，BAYES-bayes 推導(dǎo)法,GAIRL-ML法等都是主流，MEGA？好像如果要求不是很嚴格的話用這個吧，簡單。但是想嚴格的話，建議用前面幾個。 建樹要考慮的東西很多，建出來的樹也有很多要仔細想的，如果想得到好結(jié)果又有說服力的話，建議找比較懂得人問問。 |
10樓2013-09-07 15:26:51
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