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系統(tǒng)發(fā)育樹構建中的若干問題
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這兩天在忙系統(tǒng)發(fā)育樹的構建，有一些問題弄不清楚，特來請教。 我從文獻中的發(fā)育樹上找了一些菌株作為參照，覺得找的已經(jīng)足夠多了，但還是不能把我自己的序列都包括進去。還有數(shù)字的大小代表什么，太小是不是親緣關系較遠~ |
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hkqgeoffrey
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lhf903: 金幣+10, ★★★很有幫助 2013-09-27 10:02:27
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http://www.bacterio.cict.fr/ 我用的是師兄告知的這個網(wǎng)站，其他的沒用過，你試試看吧 |
8樓2013-09-07 10:37:35
hkqgeoffrey
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構建系統(tǒng)發(fā)育樹首先要將你的序列放到NCBI和數(shù)據(jù)庫中序列比對，去同源性高的（比如>95%，根據(jù)實際情況）建樹，不是從文獻中獲得序列 外圍典型種可以在專門網(wǎng)站搜到，并獲得他的基因組序列 樹枝上的數(shù)值是說明其兩個菌株在進化關系上相近的一種運用計算得到的值，一般>73的樹枝表示兩株菌同源可信 |
2樓2013-09-06 10:27:02
3樓2013-09-06 11:07:17
4樓2013-09-06 11:10:28
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