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fhj1027木蟲 (正式寫手)
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[求助]
npt后為什么壓強(qiáng)平均值一直達(dá)不到設(shè)定值1bar？
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我模擬的是蠶絲蛋白質(zhì)在水溶液中的二級(jí)結(jié)構(gòu)的變化。在nvt后溫度達(dá)到300K，但是做npt時(shí)，壓強(qiáng)平均值一直達(dá)不到設(shè)定的1bar。 這是我的npt.mdp文件，求高人指點(diǎn)。 其中計(jì)算時(shí)間是100ps時(shí)，壓強(qiáng)為-15bar，200ps后為-8bar，但是1000ps后，壓強(qiáng)依然為-8bar左右。與200ps時(shí)差別不大。 define = -DPOSRES ; position restrain the protein ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 500000 ; 2 * 50000 = 1000 ps dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps nstvout = 1000 ; save velocities every 2 ps nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps ; Bond parameters continuation = yes ; Restarting after NVT constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 1.0 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl = Parrinello-Rahman ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; Velocity generation is off |
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3樓2013-09-22 09:50:20
2樓2013-09-18 16:02:35
4樓2013-09-22 10:15:43
fhj1027
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太感謝您的回復(fù)了，真的讓我有迷航看到燈塔的感覺。 “你的模擬體系有什么特殊的要求嗎？” 我的模擬體系沒有特殊要求 “為什么不用長方體的盒子呢？又是周期邊界條件的話，長方體最簡單的模擬啊” 我是剛剛開始學(xué)習(xí)gromacs的，一直做得Justin在網(wǎng)上的例題�？吹剿ㄗh用正十二面體，說是計(jì)算量會(huì)小一些。所以我也就選擇了正十二面體。 “還有如果你用正六面體的模擬盒子，最好保持xy平面不變化，只調(diào)節(jié)z方向的長度�！� 請(qǐng)問這個(gè)怎么設(shè)置呢？是修改Pcoupltype這一項(xiàng)為semiisotropic嗎？ “壓強(qiáng)的波動(dòng)本來就很大的，從你的帖子里看不到模擬體系的大小，而且你的模擬時(shí)間太短，你至少模擬到10 ns 之后再看吧” 我現(xiàn)在選擇了正六面體，模擬了100ps后，壓強(qiáng)平均值為6.2bar。我現(xiàn)在修改為1000ps了，正在計(jì)算，希望結(jié)果能好一些 |
5樓2013-09-22 13:03:55
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