 |
 |
 |
| 24小時(shí)熱門版塊排行榜 |
- >論壇更新日志 (1708)
- >考研 (187)
- >導(dǎo)師招生 (129)
- >蟲友互識(shí) (77)
- >考博 (27)
- >文獻(xiàn)求助 (26)
- >論文投稿 (24)
- >休閑灌水 (18)
- >博后之家 (17)
- >碩博家園 (16)
- >找工作 (15)
- >文獻(xiàn)求助完結(jié)子版 (14)
- >基金申請(qǐng) (12)
- >論文道賀祈福 (8)
- >教師之家 (8)
- >職場(chǎng)人生 (5)
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1699 | 回復(fù): 5 | ||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | ||
fhj1027木蟲 (正式寫手)
I love wei
|
[求助]
npt后為什么壓強(qiáng)平均值一直達(dá)不到設(shè)定值1bar？
|
|
|
我模擬的是蠶絲蛋白質(zhì)在水溶液中的二級(jí)結(jié)構(gòu)的變化。在nvt后溫度達(dá)到300K，但是做npt時(shí)，壓強(qiáng)平均值一直達(dá)不到設(shè)定的1bar。 這是我的npt.mdp文件，求高人指點(diǎn)。 其中計(jì)算時(shí)間是100ps時(shí)，壓強(qiáng)為-15bar，200ps后為-8bar，但是1000ps后，壓強(qiáng)依然為-8bar左右。與200ps時(shí)差別不大。 define = -DPOSRES ; position restrain the protein ; Run parameters integrator = md ; leap-frog integrator nsteps = 500000 ; 2 * 50000 = 1000 ps dt = 0.002 ; 2 fs ; Output control nstxout = 1000 ; save coordinates every 2 ps nstvout = 1000 ; save velocities every 2 ps nstenergy = 1000 ; save energies every 2 ps nstlog = 1000 ; update log file every 2 ps ; Bond parameters continuation = yes ; Restarting after NVT constraint_algorithm = lincs ; holonomic constraints constraints = all-bonds ; all bonds (even heavy atom-H bonds) constrained lincs_iter = 1 ; accuracy of LINCS lincs_order = 4 ; also related to accuracy ; Neighborsearching ns_type = grid ; search neighboring grid cells nstlist = 5 ; 10 fs rlist = 1.0 ; short-range neighborlist cutoff (in nm) rcoulomb = 1.0 ; short-range electrostatic cutoff (in nm) rvdw = 1.0 ; short-range van der Waals cutoff (in nm) ; Electrostatics coulombtype = PME ; Particle Mesh Ewald for long-range electrostatics pme_order = 4 ; cubic interpolation fourierspacing = 0.16 ; grid spacing for FFT ; Temperature coupling is on tcoupl = V-rescale ; modified Berendsen thermostat tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K ; Pressure coupling is on pcoupl = Parrinello-Rahman ; Pressure coupling on in NPT pcoupltype = isotropic ; uniform scaling of box vectors tau_p = 2.0 ; time constant, in ps ref_p = 1.0 ; reference pressure, in bar compressibility = 4.5e-5 ; isothermal compressibility of water, bar^-1 refcoord_scaling = com ; Periodic boundary conditions pbc = xyz ; 3-D PBC ; Dispersion correction DispCorr = EnerPres ; account for cut-off vdW scheme ; Velocity generation gen_vel = no ; Velocity generation is off |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085601 329分調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
本2一志愿C9-333分，材料科學(xué)與工程，求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
一志愿大連理工大學(xué)材料求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
材料與化工調(diào)劑一志愿大連海事085600，349
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
一志愿中海洋320化學(xué)工程與技術(shù)學(xué)碩求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
-
311求調(diào)劑一志愿合肥工業(yè)大學(xué)
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
一志愿食品科學(xué)與工程083200求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料科學(xué)與工程求調(diào)劑
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
一志愿北化085600材料專碩275|有文章專利｜求調(diào)劑
已經(jīng)有11人回復(fù)
4樓2013-09-22 10:15:43
2樓2013-09-18 16:02:35
fhj1027
木蟲 (正式寫手)
I love wei
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 4840.3
- 散金: 226
- 紅花: 3
- 帖子: 602
- 在線: 174.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 877112
- 注冊(cè): 2009-10-19
- 專業(yè): 聚合物共混與復(fù)合材料
3樓2013-09-22 09:50:20
fhj1027
木蟲 (正式寫手)
I love wei
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 4840.3
- 散金: 226
- 紅花: 3
- 帖子: 602
- 在線: 174.8小時(shí)
- 蟲號(hào): 877112
- 注冊(cè): 2009-10-19
- 專業(yè): 聚合物共混與復(fù)合材料
|
太感謝您的回復(fù)了，真的讓我有迷航看到燈塔的感覺。 “你的模擬體系有什么特殊的要求嗎？” 我的模擬體系沒有特殊要求 “為什么不用長(zhǎng)方體的盒子呢？又是周期邊界條件的話，長(zhǎng)方體最簡(jiǎn)單的模擬啊” 我是剛剛開始學(xué)習(xí)gromacs的，一直做得Justin在網(wǎng)上的例題�？吹剿ㄗh用正十二面體，說是計(jì)算量會(huì)小一些。所以我也就選擇了正十二面體。 “還有如果你用正六面體的模擬盒子，最好保持xy平面不變化，只調(diào)節(jié)z方向的長(zhǎng)度。” 請(qǐng)問這個(gè)怎么設(shè)置呢？是修改Pcoupltype這一項(xiàng)為semiisotropic嗎？ “壓強(qiáng)的波動(dòng)本來就很大的，從你的帖子里看不到模擬體系的大小，而且你的模擬時(shí)間太短，你至少模擬到10 ns 之后再看吧” 我現(xiàn)在選擇了正六面體，模擬了100ps后，壓強(qiáng)平均值為6.2bar。我現(xiàn)在修改為1000ps了，正在計(jì)算，希望結(jié)果能好一些 |
5樓2013-09-22 13:03:55
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 083000學(xué)碩274求調(diào)劑 +10 | Li李魚 2026-03-26 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
|
[考研] 材料工程專碩求調(diào)劑 +8 | hyl3153942 2026-03-29 | 8/400 |
|
|
[考研] 求收留 +6 | 1943443204 2026-03-28 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)0703 調(diào)劑 306分 一志愿211 +8 | 26要上岸 2026-03-28 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 282求調(diào)劑 +4 | wcq131415 2026-03-24 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085404求調(diào)劑，總分309，本科經(jīng)歷較為豐富 +6 | 來財(cái)aa 2026-03-25 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 318一志愿吉林大學(xué)生物與醫(yī)藥 求調(diào)劑 +5 | 篤行致遠(yuǎn). 2026-03-28 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 【求調(diào)劑】085601材料工程專碩 | 總分272 | +7 | 腳滑的守法公民 2026-03-27 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 322求調(diào)劑 +5 | 舊吢 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 張芳銘-中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-環(huán)境工程專碩-298 +4 | 手機(jī)用戶 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 275求調(diào)劑 +10 | jjjjjjjjjjl 2026-03-27 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 一志愿211院校 344分 東北農(nóng)業(yè)大學(xué)生物學(xué)學(xué)碩，求調(diào)劑 +5 | 丶風(fēng)雪夜歸人丶 2026-03-26 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 化學(xué)調(diào)劑 +4 | 愛吃番茄的旭 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 安徽大學(xué)專碩生物與醫(yī)藥專業(yè)(086000)324分，英語已過四六級(jí)，六級(jí)521，求調(diào)劑 +4 | 美味可樂雞翅 2026-03-26 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085601 材料工程 313分 求調(diào)劑 +5 | Ong3 2026-03-27 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 一志愿鄭大085600，310分求調(diào)劑 +5 | 李瀟可 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[論文投稿] Journal of Mechanical Science and Technology +3 | Russ_ss 2026-03-25 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 324求調(diào)劑 +5 | hanamiko 2026-03-26 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 求調(diào)劑 一志愿 本科 北科大 化學(xué) 343 +6 | 13831862839 2026-03-24 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 290分調(diào)劑求助 +3 | 吉祥止止陳 2026-03-25 | 3/150 |
|